[发明专利]组织样品分析技术有效
申请号: | 201680022612.8 | 申请日: | 2016-03-10 |
公开(公告)号: | CN107567631B | 公开(公告)日: | 2021-10-22 |
发明(设计)人: | 大卫·克尔;约翰·麦迪逊;哈弗德·丹尼尔森 | 申请(专利权)人: | 牛津癌症生物标记有限公司 |
主分类号: | G06K9/00 | 分类号: | G06K9/00 |
代理公司: | 北京安信方达知识产权代理有限公司 11262 | 代理人: | 王玮玮;郑霞 |
地址: | 英国牛*** | 国省代码: | 暂无信息 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 组织 样品 分析 技术 | ||
1.一种定量分析组织样品的方法,包括:
对所述组织样品的多个细胞核进行倍性测量,以确定所述组织样品的倍性类型;
对所述组织样品的切片进行基质测量,以通过确定所述组织样品是具有高于预先确定的基质百分比的基质百分比的高基质类型还是具有至多所述预先确定的基质百分比的基质百分比的低基质类型,来确定所述组织样品的基质类型;
以及基于所述基质类型和所述倍性类型输出分类。
2.根据权利要求1所述的方法,其中所述基质测量通过以下步骤进行:
获得组织切片;
将所述组织切片染色;
捕获所染色的组织切片的显微镜图像;
使用聚类算法将所述显微镜图像的图像像素分割成基质像素和非基质像素;以及
计算基质像素在所述显微镜图像中的分数;以及
确定基质像素的分数是否超过所述预先确定的基质百分比。
3.根据权利要求2所述的方法,其中使用聚类算法包括将所述图像像素拟合至两个高斯曲线,一个高斯曲线对应于所述显微镜图像的基质区,并且一个高斯曲线对应于所述显微镜图像的非基质区。
4.根据权利要求2或3所述的方法,还包括在进行使用聚类算法的步骤之前,将所捕获的显微镜图像转化成色调-饱和度-明度色彩坐标。
5.根据权利要求4所述的方法,其中使用聚类算法的步骤包括将所述图像像素的色调值拟合至两个高斯曲线,一个高斯曲线对应于所述显微镜图像的基质区,并且一个高斯曲线对应于所述显微镜图像的非基质区。
6.根据权利要求4所述的方法,其中所捕获的图像具有苏木精和伊红染色,所述方法还包括:
将所捕获的图像转化成代表用苏木精染色的图像区域的归一化的苏木精图像和代表用苏木精或伊红染色的图像区域的归一化的苏木精和伊红图像;
计算具有低于第一预先确定的水平的饱和度和低于第二预先确定的水平的明度的归一化的苏木精和伊红图像中的像素的对应于所述图像的背景的背景掩蔽;以及
通过将所述归一化的苏木精图像转化成灰色以获得灰色转化的图像来计算结缔组织掩蔽;
其中使用聚类算法的步骤对所述灰色转化的图像使用聚类算法和阈值法,以鉴定结缔组织的像素。
7.根据权利要求2或3所述的方法,其中所述预先确定的基质百分比是30%至70%。
8.根据权利要求1至3中任一项所述的方法,其中所述倍性测量通过以下步骤进行:
制备所述组织样品,使得细胞核被释放并且被DNA特异性染料染色;
捕获所述细胞核的显微镜图像;
分割所捕获的图像中的图像以鉴定所述细胞核;
对于多个细胞核中的每个,获得积分光密度;以及
确定所述组织样品的DNA倍性分类。
9.根据权利要求1至3中任一项所述的方法,还包括:
从所述基质类型和所述倍性类型计算无复发的存活组。
10.根据权利要求1至3中任一项所述的方法,其中基质类型高基质和非二倍体的倍性类型的样品被分类为高风险,基质类型低基质和倍性类型二倍体的样品指示低风险,并且其中具有低基质的基质类型和非二倍体类型的倍性类型或高基质的基质类型和二倍体的倍性类型的样品指示中风险水平。
11.根据权利要求1至3中任一项所述的方法,其中所述组织样品来自癌性组织。
12.根据权利要求11所述的方法,其中所述癌性组织是前列腺组织、结肠组织或直肠组织。
13.一种计算机存储介质,所述计算机存储介质存储计算机程序,所述计算机程序适于引起计算机进行根据权利要求1至12中任一项所述的方法。
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