[发明专利]核酸分析系统和方法

权利要求书

1.一种分析核酸中与肿瘤相关的生物标志物的方法，所述方法包括：

提供通过对来自患者肿瘤样品的核酸进行测序而产生的肿瘤序列读取；

提供通过对来自所述患者正常样品的核酸进行测序而产生的正常序列读取；

比较所述肿瘤序列读取和正常序列读取；

基于所述比较筛选所述肿瘤序列读取；和

鉴定经筛选的序列读取中的肿瘤特异性突变。

2.如权利要求1所述的方法，其中所述方法还包括，在所述提供步骤之前，对来自肿瘤样品和正常样品的核酸进行测序。

3.如权利要求1所述的方法，其中所述比较步骤包括将所述肿瘤序列读取和正常序列读取与参考进行比对，并将所述经比对的正常读取与经比对的肿瘤读取进行比较。

4.如权利要求1所述的方法，其中所述比较步骤包括基于所述肿瘤序列读取创建肿瘤重叠群，并基于所述正常序列读取创建正常重叠群，以及将所述正常重叠群与所述肿瘤重叠群进行比较。

5.如权利要求1所述的方法，还包括将经筛选的序列读取与参考进行比较。

6.如权利要求5所述的方法，其中所述参考选自肿瘤参考或正常参考。

7.如权利要求1所述的方法，还包括将所述序列读取与Sanger序列参考进行比较。

8.如权利要求1所述的方法，其中所述肿瘤序列读取和正常序列读取对应于已知与癌症相关的基因组別。

9.如权利要求1所述的方法，其中所述肿瘤序列读取和正常序列读取对应于编码区。

10.如权利要求1所述的方法，其中所述肿瘤序列读取和正常序列读取对应于内含子区域。

11.如权利要求1所述的方法，其中所述筛选包括排除不符合阈值的位点。

12.如权利要求1所述的方法，其中所述肿瘤样品包括活检标本和循环肿瘤DNA。

13.如权利要求1所述的方法，其中所述正常样品选自淋巴细胞、唾液样品或颊部样品。

14.如权利要求1所述的方法，还包括基于所述生物标志物确定所述患者的预后。

15.如权利要求1所述的方法，还包括基于所述生物标志物为所述患者设计治疗方案。

16.如权利要求1所述的方法，还包括将所述肿瘤序列读取与突变文库进行比较以确定初始可操作突变的列表；和

将经鉴定的肿瘤特异性突变与所述初始可操作突变的列表进行比较。

17.如权利要求16所述的方法，还包括基于经鉴定的肿瘤特异性突变与所述初始可操作突变的列表之间的比较，向所述肿瘤序列給予分数。

18.如权利要求17所述的方法，还包括基于所述分数接受所述初始可操作突变的列表。

19.一种用于鉴定核酸中突变的系统，所述系统包括耦合到非瞬态存储器的处理器，所述非瞬态存储器包含可由所述处理器执行的指令，以使所述系统：

接收通过对来自患者肿瘤样品的核酸进行测序而产生的肿瘤序列读取；

接收通过对来自所述患者正常样品的核酸进行测序而产生的正常序列读取；

比较所述肿瘤序列读取和正常序列读取；

基于所述比较筛选所述肿瘤序列读取；和

评估经筛选的序列读取中有否突变，其中所述突变是与肿瘤相关的生物标志物。

20.如权利要求19所述的系统，还包括可操作地用于对来自所述肿瘤样品和所述正常样品的核酸进行测序的核酸测序仪。

21.如权利要求19所述的系统，其中所述系统还可操作地将所述肿瘤序列读取和正常序列读取与参考比对，将所述经比对的正常读取与经比对的肿瘤读取进行比较。

22.如权利要求19所述的系统，其中所述系统还可操作地基于所述肿瘤序列读取创建肿瘤重叠群，并基于所述正常序列读取创建正常重叠群，以及将所述正常重叠群与所述肿瘤重叠群进行比较。

23.如权利要求19所述的系统，其中所述系统还可操作地将经筛选的序列读取与参考进行比较。

24.如权利要求23所述的系统，其中所述参考选自肿瘤参考或正常参考。