[发明专利]用于心理健康相关状况的微生物组来源的诊断和治疗的方法及系统

权利要求书

1.一种用于生成心理健康相关状况的表征模型的方法，所述方法包括：

·在与所述样品处理网络通信的计算系统，在处理来自受试者群体的样品的聚合集的每一个的核酸内容物后生成所述受试者群体的微生物组组成数据集和微生物组功能多样性数据集；

·在所述计算系统，接收来自所述受试者群体的补充数据集，所述补充数据集提供与所述心理健康相关状况相关的特性的信息；以及

·在所述计算系统，将所述补充数据集和从所述微生物组组成数据集和所述微生物组功能多样性数据集中的至少一种提取的特征转化成所述心理健康相关状况的表征模型，

其中生成所述表征模型包括基于所述补充数据集和特征进行统计分析以评价跨未表现出所述心理健康相关状况的所述受试者群体的第一子集和表现出所述心理健康相关状况的所述受试者群体的第二子集具有变化的微生物组组成特征和微生物组功能特征的集合，或者其中生成所述表征模型使用针对表现出所述心理健康相关状况的所述受试者群体的第一子集和未表现出所述心理健康相关状况的所述受试者群体的第二子集的相对丰度值，和相对丰度值的分布，

其中所述表征模型用于确定特定受试者的心理健康状况，并且

其中所述心理健康相关状况是酸反流/胃食管反流疾病(GERD)、多发性硬化(MS)、获得性免疫缺陷综合征(AIDS)、结肠直肠癌、帕金森病、舍格伦综合征、和中风中的至少一种。

2.如权利要求1所述的方法，其中处理所述样品的聚合集的每一个的核酸内容物包括用所述样品的聚合集进行使用引物组的多重扩增操作、片段化操作、测序分析操作、和比对操作。

3.如权利要求1所述的方法，其中生成所述表征模型包括：

·提取与所述微生物组组成数据集中指示的微生物组组分的功能方面的集合相关的候选特征，以生成所述微生物组功能多样性数据集；以及

·关于所述功能方面的集合的子集表征所述心理健康相关状况，所述子集源自以下中的至少一种：蛋白特征的直系同源聚类、来自京都基因和基因组百科全书(KEGG)的基因组功能特征、化学功能特征和系统功能特征。

4.如权利要求1所述的方法，其中生成有关GERD的表征模型包括在处理所述样品的聚合集和确定来源于以下的特征的存在后生成所述表征模型，分类单元的集合包括：一种或更多种以下分类单元：八叠球菌属(Sarcina)(属)、Blautia(属)、Terrisporobacter(属)、Faecalibacterium(属)、Moryella(属)、乳杆菌属(Lactobacillus)(属)、梭菌属(Clostridium)(属)、Odoribacter(属)、Thalassospira(属)、Barnesiella(属)、Subdoligranulum(属)、双歧杆菌属(Bifidobacterium)(属)、Anaerotruncus(属)、链球菌属(Streptococcus)(属)、Parabacteroides(属)、Alistipes(属)、Erysipelatoclostridium(属)、拟杆菌属(Bacteroides)(属)、甲烷短杆菌属(Methanobrevibacter)(属)、考拉杆菌属(Phascolarctobacterium)、Butyricimonas(属)、梭菌科(Clostridiaceae)(科)、乳杆菌科(Lactobacillaceae)(科)、瘤胃菌科(Ruminococcaceae)(科)、红螺菌科(Rhodospirillaceae)(科)、毛螺旋菌科(Lachnospiraceae)(科)、双歧杆菌科(Bifidobacteriaceae)(科)、黄杆菌科(Flavobacteriaceae)(科)、理研菌科(Rikenellaceae)(科)、Sutterellaceae(科)、拟杆菌科(Bacteroidaceae)(科)、消化链球菌科(Peptostreptococcaceae)(科)、韦荣球菌科(Veillonellaceae)(科)、颤螺菌科(Oscillospiraceae)(科)、甲烷杆菌科(Methanobacteriaceae)(科)、普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)(科)、红螺菌目(Rhodospirillales)(目)、双歧杆菌目(Bifidobacteriales)(目)、黄杆菌目(Flavobacteriales)(目)、伯克氏菌目(Burkholderiales)(目)、α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)(纲)、黄杆菌纲(Flavobacteria)(纲)、乙型变形菌纲(Betaproteobacteria)(纲)、甲烷杆菌纲(Methanobacteria)(纲)、拟杆菌纲(Bacteroidia)(纲)、变形菌门(Proteobacteria)(门)、广古菌门(Euryarchaeota)(门)、疣微菌门(Verrucomicrobia)(门)、和拟杆菌门(Bacteroidetes)(门)。