[发明专利]用于检测乳腺癌的宏基因组组合物和方法

权利要求书

1.检测来自对象的肿瘤组织样品中的三阴性乳腺癌的方法，所述方法包括：

使来自所述肿瘤组织样品的可检测标记的核酸杂交至PathoChip阵列以生成第一杂交图谱；

使来自参考样品的可检测标记的核酸杂交至PathoChip阵列以生成第二杂交图谱，其中所述参考样品来自其它方面相同的来自对象的非肿瘤组织；

比较所述第一杂交图谱和第二杂交图谱，其中当所述第一杂交图谱基本上是微生物杂交签名并且所述第二杂交图谱基本上不是微生物杂交签名时，在所述肿瘤组织样品中检测到三阴性乳腺癌。

2.权利要求1所述的方法，其中通过使来自所述肿瘤组织样品的所述可检测标记的核酸杂交至所述PathoChip上的至少三种核酸探针来生成所述微生物杂交签名，其中所述探针来自选自如下的微生物：小鼠乳癌病毒(MMTV)、人嗜T淋巴细胞病毒I型(HTLV-1)、弗吉纳米肿瘤病毒(FSV)、猿猴病毒40(SV40)、JC病毒(JC)、美克耳细胞多瘤病毒(MCPV)、人巨细胞病毒(HCMV)、EB病毒(EBV)、卡波西肉瘤相关疱疹病毒(KSHV)、人乳头瘤病毒16(HPV16)、人乳头瘤病毒6b(HPV6b)、乙型肝炎病毒(HBV)、丙型肝炎病毒(HCV-1)、牛丘疹性口炎病毒(BPSV)、假牛痘病毒(PCP)、沙鼠痘病毒(Tatera)、口疮病毒(Orf)、隐秘杆菌属、短波单胞菌属某种、鞘氨醇杆菌属、普罗威登斯菌属、普氏菌属、布鲁氏杆菌属、大肠埃希氏杆菌(大肠杆菌)、放线菌属、动弯杆菌属、丙酸杆菌属、地芽孢杆菌属、罗氏菌属、嗜胨菌属、嗜二氧化碳噬细胞菌属、匹里虫属、毛孢子菌属、产色芽生菌属、瓶霉菌属、拟青霉属、鞭虫属某种、弓蛔虫属某种、利什曼原虫属某种、马梨浆虫(马巴贝虫)、吸吮线虫属某种或并殖吸虫属某种。

3.权利要求1所述的方法，其中通过使来自所述肿瘤组织样品的所述可检测标记的核酸杂交至所述PathoChip上的至少三种核酸探针来生成所述第一杂交图谱，其中所述探针选自SEQ ID NO:1-160。

4.检测来自对象的肿瘤组织样品中的三阴性乳腺癌的方法，所述方法包括：

使来自所述肿瘤组织样品的可检测标记的核酸杂交至第一微阵列以生成第一杂交图谱，所述第一微阵列包括至少三种选自SEQ ID NO:1-160的核酸探针；

使来自参考样品的可检测标记的核酸杂交至第二微阵列以生成第二杂交图谱，所述第二微阵列包括至少三种选自SEQ ID NO:1-160的核酸探针，其中所述参考样品来自其它方面相同的来自对象的非肿瘤组织；

比较所述第一杂交图谱和第二杂交图谱，其中当所述第一杂交图谱基本上是微生物杂交签名并且所述第二杂交图谱基本上不是微生物杂交签名时，在所述肿瘤组织样品中检测到三阴性乳腺癌。

5.权利要求1-4中任一项所述的方法，其中所述肿瘤组织样品选自活组织检查，福尔马林-固定、石蜡-包埋的(FFPE)样品，或非实体瘤。

6.权利要求1-5中任一项所述的方法，其中所述对象是人。

7.权利要求1-6中任一项所述的方法，其中使用荧光团、放射性磷酸盐、生物素或酶标记所述可检测标记的核酸。

8.权利要求7所述的方法，其中所述荧光团是Cy3或Cy5。

9.权利要求1-8中任一项所述的方法，进一步包括其中当在来自对象的所述肿瘤组织样品中检测到三阴性乳腺癌时，给所述对象提供用于三阴性乳腺癌的治疗。

10.权利要求9所述的方法，其中所述治疗包括外科手术、化学疗法或放射疗法。

11.组合物，其包括至少三种选自SEQ ID NO:1-160的核酸探针。

12.微阵列，其包括至少三种选自SEQ ID NO:1-160的核酸探针。

13.权利要求12所述的微阵列，其中所述核酸探针选自大约10至大约30种微生物并且包括大约3至大约5种探针/微生物。