[发明专利]追踪医院环境中的感染

权利要求书

1.一种用于追踪感染的扩散的方法，所述方法包括：

在多个感染样本中，针对每个感染样本对数据进行测序；

通过使用包含针对不同样本随时间的变化的样本数据并且计算预测区间来确定针对病原生物的随时间的预期变化范围，其中，所述预测区间界定感染传播的所述预期变化范围；

针对至少一个感染样本，计算该样本与至少一个额外的感染样本之间的随时间的突变变化数目；

针对计算出的随时间的突变变化数目中的每个，确定样本之间的所述随时间的突变变化数目是否在所述预测区间内；并且

针对在所述预测区间内的所述计算出的随时间的突变变化数目中的每个，将相关联的样本对标记为潜在的传播。

2.根据权利要求1所述的方法，其中，所述预期变化范围是通过以下操作来确定的：

构建测序样本的系统发育以识别密切相关的样本；并且

针对所述多个感染样本中的至少一个，计算所述样本与如由所述系统发育确定的至少一个紧密相关的样本之间的随时间的变化数目。

3.根据权利要求1所述的方法，其中，所述预期变化范围是根据随时间从同一患者取得的多个样本来确定的，或者是根据从相互之间可能存在传播的两个患者取得的多个样本来确定的。

4.根据权利要求2所述的方法，其中，构建所述系统发育包括逐对计算每对测序样本之间的距离并使用距离矩阵来构建进化树。

5.根据权利要求1所述的方法，其中，感染样本测序数据是通过全基因组测序或靶向测序获得的。

6.根据权利要求1所述的方法，其中，计算出的样本之间的突变变化数目通过除以两个样本都具有碱基调用的基因组位置的总数而被归一化。

7.根据权利要求4所述的方法，还包括：

通过对所述样本的所述进化树进行广度优先搜索遍历变化数目在所述预期变化范围内的边来确定所述感染样本中的哪些感染样本来自相同的爆发。

8.根据权利要求7所述的方法，还包括：

在经测序的感染样本的显示的进化树上标记被识别为潜在的传播的感染样本对。

9.根据权利要求8所述的方法，还包括：

创建多个进化树，每个树由被标记为来自相同的爆发的样本构建。

10.一种用于追踪感染的扩散的系统，所述系统包括：

接收器，其用于接收感染样本测序数据；

存储器，其被配置为存储所接收的感染样本测序数据；以及

处理器，其被配置为：

通过使用包含针对不同样本随时间的变化的样本数据并且计算预测区间来确定针对病原生物的随时间的预期变化范围，其中，所述预测区间界定感染传播的所述预期变化范围；

针对至少一个感染样本，计算该样本与至少一个额外的感染样本之间的随时间的突变变化数目；

针对计算出的随时间的突变变化数目中的每个，确定样本之间的所述随时间的突变变化数目是否在所述预测区间内；并且

针对在所述预测区间内的所述计算出的随时间的突变变化数目中的每个，将相关联的样本对标记为潜在的传播。

11.根据权利要求10所述的系统，其中，所配置的处理器通过以下操作来确定所述预期变化范围：

构建测序样本的系统发育以识别密切相关的样本；并且

针对多个感染样本中的至少一个，计算所述样本与由所述系统发育确定的至少一个紧密相关的样本之间的随时间的变化数目。

12.根据权利要求11所述的系统，其中，所配置的处理器通过逐对计算每对测序样本之间的距离并使用距离矩阵构建进化树来构建所述系统发育。

13.根据权利要求12所述的系统，其中，所述处理器还被配置为：

通过对所述样本的所述进化树进行广度优先搜索遍历变化数目在所述预期变化范围内的边来确定所述感染样本中的哪些感染样本来自相同的爆发。