[发明专利]间皮素(MSLN)蛋白质的SRM/MRM测定

说明书

本公开提供了用于直接在生物样品中定量MSLN蛋白质的方法，包括通过选择反应监测/多重反应监测(SRM/MRM)质谱而已经固定在福尔马林中的样品。可测定的样品包括使用含有试剂/固定剂的甲醛处理的组织和细胞，包括福尔马林固定的组织/细胞、福尔马林固定/石蜡包埋(FFPE)的组织/细胞、FFPE组织块和来自那些块的细胞，以及经福尔马林固定和或石蜡包埋的组织培养细胞。提供了从这样的生物样品制备蛋白质样品的方法，由通过在蛋白质样品中定量至少一种或多种所述肽的SRM/MRM质谱来定量MSLN蛋白质。

本申请要求于2015年5月14日提交的临时申请No.62/161,506的优先权，其全部内容通过引用并入本文。

背景技术

人们使用一批杀伤正在生长和分裂的细胞并以多种方式发挥功能的治疗剂来治疗癌症。常见的化疗剂集合已被单独或联合使用了数十年，且该常见的试剂集合已成为临床肿瘤学实践中传统且常规的癌症治疗手段。这些传统的化疗剂通过杀伤所有快速分裂的细胞来发挥作用，快速分裂是大多数癌细胞的主要特性之一。然而，这些试剂也杀伤正在生长的正常细胞，因此这些试剂不被视作杀伤癌细胞的“靶向”方法。近年来，已开发出大量仅选择性靶向癌细胞的癌症治疗剂，其中这些治疗剂特异性攻击仅由癌细胞表达而正常细胞不表达的蛋白质，或在癌细胞中表达比在正常细胞中表达更多的蛋白质。这种方式被视癌症治疗的“靶向”方法。最近，以“靶向”方式杀伤癌细胞的另一种方法是特异性调控免疫系统以增强癌症患者的免疫系统杀伤癌细胞的能力。

靶向间皮素蛋白质的治疗剂，也称为MSLN，在早期临床试验中已显示出前景。然而，只有癌细胞表达大量的MSLN蛋白质的患者才最有可能受益于采用这些MSLN靶向治疗剂进行的治疗。由于MSLN在正常的组织和/或正常的上皮细胞中不能正常表达，下文所述的方法提供了基于定量蛋白质组学的测定以提供MSLN信号途径活化的相关测量。具体而言，所述方法提供了质谱分析法，其量化来自癌症患者的福尔马林固定组织中的MSLN，并能够改善用于癌症治疗的治疗决策。

提供了从间皮素蛋白质的序列衍生的特定肽，也称为CAK1、前原巨核细胞增强因子、巨核细胞增强因子和MPF，并且在本文中称为MSLN。针对每种肽的肽序列和片段/过渡离子在基于质谱的选择反应监测(SRM)中特别有用，其也可称为多反应监测(MRM)测定，在本文中称为SRM/MRM。描述了使用肽进行MSLN蛋白质的SRM/MRM定量分析。

所述SRM/MRM测定可用于测量来自MSLN蛋白质的一种或多种特定肽的相对或绝对定量水平，并因此提供用于测量从生物样品获得的给定蛋白质制剂中的MSLN蛋白质含量的质谱方法。

更具体地，SRM/MRM测定可直接测量由从诸如福尔马林固定的癌症患者组织的患者组织样品取得的细胞制备的复杂蛋白质裂解物样品中的那些肽。由福尔马林固定的组织制备蛋白质样品的方法描述在美国专利第7,473,532号中，其内容通过引用全文纳入本文。美国专利号7,473,532中描述的方法可使用获自表达病理学公司(Expression PathologyInc.)(马里兰州罗克维尔)的Liquid试剂和方案方便地进行。

来自癌症患者组织的最广泛且可方便获得的组织形式为福尔马林固定的石蜡包埋的组织。手术切除的组织的甲醛/福尔马林固定是迄今为止在全世界保存癌症组织样品的最常见方法，并且是用于标准病理学实践的公认惯例。甲醛水溶液被称为福尔马林。“100％”福尔马林由甲醛在水中的饱和溶液(约40体积％或37重量％)组成，其含有少量用于限制氧化和聚合程度的稳定剂，通常为甲醇。保藏组织的最常用方式是将整个组织在通常称为10％中性缓冲福尔马林的甲醛水溶液中长时间(8小时至48小时)浸泡，接着在室温下将固定的整个组织包埋在石蜡中以便长期储存。因此，分析福尔马林固定的癌症组织的分子分析方法将是用于分析癌症患者组织的最被接受且大量利用的方法。