[发明专利]血浆DNA的单分子测序

权利要求书

1.一种方法，其包括：

从获自受试者的生物样品提取多个无细胞DNA片段，其中所述生物样品包括包含所述无细胞DNA片段的体液；

将第一组所述多个无细胞DNA片段串联以获得第一串联体，其中所述第一组的所述无细胞DNA片段具有不同的序列，并来自所述受试者基因组的不同位置；以及

对所述第一串联体进行单分子测序以获得所述第一串联体的第一序列，所述第一序列包括所述第一组多个无细胞DNA片段的不同序列作为所述第一序列内的子序列。

2.根据权利要求1所述的方法，其还包括：

将所述第一串联体提供给测序装置作为进行所述单分子测序的一部分；以及

使用所述测序装置检测对应于所述第一串联体的多个信号，所述多个信号对应于所述第一串联体的所述第一序列。

3.根据权利要求2所述的方法，其中所述测序装置包括第一纳米孔，所述方法还包括：

使所述第一串联体穿过所述第一纳米孔；以及

当所述第一串联体穿过所述第一纳米孔时检测第一电信号，所述第一电信号对应于所述第一串联体的所述第一序列，其中所述多个信号包括所述第一电信号。

4.根据权利要求3所述的方法，其还包括通过计算机系统执行：

分析所述第一电信号以确定所述第一序列；以及

将所述第一序列的子序列与参考基因组对齐，以识别对应于所述第一组多个无细胞DNA片段中的每一个的片段序列。

5.根据权利要求3所述的方法，其中使所述第一串联体穿过所述第一纳米孔包括：

使所述第一串联体的第一链穿过所述第一纳米孔；以及

随后使所述第一串联体的第二链穿过所述第一纳米孔。

6.根据权利要求5所述的方法，其还包括：

通过计算机系统分析所述第一链和所述第二链的所述第一电信号以确定所述第一序列。

7.根据权利要求3所述的方法，其中所述第一纳米孔是基底上的多个纳米孔中的一个。

8.根据权利要求7所述的方法，其还包括：

将第二组所述多个无细胞DNA片段串联以获得第二串联体；

使所述第二串联体穿过所述多个纳米孔中的第二纳米孔；以及

当所述第二串联体穿过所述第二纳米孔时检测多个第二电信号，所述第二电信号对应于所述第二串联体的第二序列。

9.根据权利要求2所述的方法，其还包括：

将荧光标记的核苷酸与所述第一串联体杂交，以及

检测荧光信号，所述荧光信号对应于核苷酸。

10.根据权利要求1所述的方法，其还包括通过计算机系统执行：

将所述第一序列的子序列与参考基因组对齐，以识别对应于所述第一组多个无细胞DNA片段中的每一个的片段序列。

11.根据权利要求10所述的方法，其还包括：

基于所述子序列的对齐确定所述第一组多个无细胞DNA片段中的每一个的大小。

12.根据权利要求10所述的方法，其中：

将所述第一组多个无细胞DNA片段串联包括将所述第一组多个无细胞DNA片段和第二组具有已知序列的DNA片段串联，其中所述第二组DNA片段散布在所述第一组多个无细胞DNA片段之间，以及

将所述第一序列的子序列进行对齐包括将子序列与所述已知序列对齐，以识别所述第一串联体中的所述第二组DNA片段的位置。

13.根据权利要求12所述的方法，其中所述串联将所述第二组DNA片段中的一个DNA片段置于所述第一组多个无细胞DNA片段中的两个DNA片段之间。