[发明专利]HLA-B*15:02的单核苷酸多态性及其应用

说明书

本文公开了HLA‑B*15：02中的新型单核苷酸多态性(SNP)，其可以用作卡马西平诱导的亚洲人严重不良皮肤反应的生物标记物。本文还提供了用于评估特定SNP、以及将SNP应用于预测卡马西平诱导的严重不良皮肤反应的风险增加的方法和试剂。

相关申请的交叉参考

本申请主张2015年6月29日提交的美国临时申请第62/186,219和2016 年6月28日提交的美国申请第15/195,114的优先权和权益，二者全文通过引用纳入本文。

技术领域

本公开涉及HLA-B*15:02基因分型的方法和组合物，具体而言，涉及其中的单核苷酸多态性(SNP)及其应用。所述SNP可作为卡马西平(及其相关药物)诱导的严重不良皮肤反应的生物标记物起作用。

背景技术

卡马西平(CBZ)是在癫痫和双相障碍的治疗中经常作为处方的药物。 HLA-B*15:02与皮肤和粘膜中的卡马西平诱导的危及生命的炎症性不良反应强相关(Chung等，“医学遗传学：史蒂文斯-约翰逊综合征的标记物” (Medical genetics:a marker for Stevens-Johnson syndrome)，《自然(Nature)》，2004，428(6982)：486页；Chen等，“台湾的卡马西平诱导的毒性作用和HLA-B*15:02筛选”(Carbamazepine-induced toxic effects and HLA-B*15:02 screening in Taiwan)，《新英格兰医学杂志(N Engl J Med)》，2011，364(12)：1126-33页)。还参见 www.fda.gov/Drugs/DrugSafety/PostmarketDrugSafetyInformationforP atientsandProviders/ucm124718.htm。因此，要保证在需要卡马西平治疗的患者中进行HLA-B*15:02筛选(和处方信息：FDA批准的标签.2014)。目前，通过HLA分型来检测HLA-B*15:02是可行的，但由于所有HLA-B单倍型的高多态性和同源性质，在技术上存在挑战。目前的HLA分型方法在分辨率、精度、价格和/或便利性上存在限制，使其不能广泛用于HLA-B*15:02筛选。

简而言之，目前有四种主要方案可用于HLA-B*15:02检测：

(1)直接测序方法–例如，Sanger测序或下一代测序(NGS)-是最精确的方案，但耗时、昂贵、且需要特殊的专门知识来分析数据；

(2)序列特异性寡核苷酸探针杂交(SSOP)具备高灵敏度和特异性，但还有许多缺点，包括处理复杂和分辨率低；

(3)序列特异性PCR(SSP-PCR)，例如，可商业获得的世基生物医学股份有限公司(Pharmigene)PG15:02检测试剂盒(美国专利第7470513号)廉价且更易于处理，但其为低通量，且由于交叉反应而特异性低；以及