[发明专利]使用粪源细菌群落来治疗微生态失衡的系统和方法

说明书

本发明提供了一种治疗患有微生态失衡的个体的方法，所述方法包括：确定患有微生态失衡的个体的肠道微生物组的第一代谢谱；通过向个体施用组合物来将个体的肠道微生物组的第一代谢谱改变为个体的肠道微生物组的第二代谢谱，所述组合物包含选自以下的至少一种菌种：肠氨基酸球菌(Acidaminococcus intestinalis)、卵形拟杆菌(Bacteriodes ovatus)、青春双歧杆菌(Bifidobacterium adolescentis)、长双歧杆菌(Bifidobacterium longum)、布劳特氏菌(Blautia sp.)、梭菌(Clostridium sp.)、产气柯林斯菌(Collinsella aerofaciens)、大肠杆菌(Escherichia coli)、链状真杆菌(Eubacterium desmolans)、挑剔真杆菌(Eubacterium eligens)、粘液真杆菌(Eubacterium limosum)、普氏粪杆菌(Faecalibacterum prausnitzii)、裂果胶毛螺菌(Lachnospira pectinoshiza)、干酪乳杆菌(Lactobacillus casei)、吉氏副拟杆菌(Parabacteroides distasonis)、粪罗斯氏菌(Roseburia faecalis)、肠道罗斯氏菌(Roseburia intestinalis)、瘤胃球菌(Ruminococcus sp.)、瘤胃球菌属(Ruminococcus species)和扭链瘤胃球菌(Ruminococcus torques)，其中所述组合物以足以将所述肠道微生物组的第一代谢谱改变为所述肠道微生物组的第二代谢谱的治疗有效量施用。

相关申请

本申请要求2015年8月24日提交的标题为“使用全基因组分析优化用于根除艰难梭菌感染的粪便替代移植治疗(OPTIMIZING STOOL SUBSTITUTE TRANSPLANT THERAPY FORTHE ERADICATION OF CLOSTRIDIUM DIFFICILE INFECTION USING WHOLE GENOMEANALYSIS)”的美国临时申请第62/209,149号专利申请的优先权，通过引用将其全部内容并入本文用于所有目的。

技术领域

本发明的领域涉及胃肠疾病的治疗方法。具体而言，本发明提供了以包含粪源细菌群落的组合物用作治疗胃肠疾病的治疗方法为特征的系统和方法。

背景技术

艰难梭菌(Clostridium difficile)是一种产毒素的革兰氏阳性杆菌，在人类肠道中过多的艰难梭菌导致产生毒素和艰难梭菌感染(CDI)的结肠炎症状。CDI是一种胃肠道的机会性(opportunistic)细菌性疾病，占所有抗生素相关性腹泻病例的15-25％。广谱全身性抗菌素使用的增加扰乱了人类肠道的生态细菌平衡，使得CDI在医疗领域日益复杂化。

使用甲硝唑或口服万古霉素10-14天来治疗CDI。然而，5％-35％的接受治疗的患者复发。复发性CDI(RCDI)被定义为经适当的治疗后CDI完全消失，但治疗停止后再次感染。医学界普遍认为，RCDI不一定是由病原体本身引起的，而是由于无法重建正常的肠道细菌。

包含粪源细菌群落的组合物可用于治疗CDI以及其他原因导致的微生态失衡。

附图说明

将参照附图进一步解释本发明，其中在全部几个视图中相同的结构由相同的数字表示。所示的附图不一定按比例绘制，而是通常将重点放在说明本发明的原理上。此外，一些特征可能被放大以显示特定组件的细节。

此外，附图中示出的任何尺寸、规格等旨在说明而非限制。因此，本文公开的具体结构和功能细节不应被解释为限制性的，而仅仅是作为用于教导本领域技术人员以各种方式使用本发明的代表性依据。

图1A-F显示本发明的一些实施方案的方法中采用的序列比较。

图2A-F显示本发明的一些实施方案的方法中采用的序列比对图。