[发明专利]模块化多肽文库以及其制备和使用方法

权利要求书

1.一种在细胞中鉴定与合成模块化多肽相关的所选表型的用于非诊断目的的离体/体外方法，所述方法包括：

(a)将带条形码的核酸文库引入到宿主细胞中，从而产生遗传修饰的宿主细胞的异质群体，其中所述带条形码的核酸文库包含多个成员，所述多个成员中的每一个均包含编码不同合成模块化多肽的核苷酸序列，所述核苷酸序列包含：编码区和条形码区，所述编码区包含编码两个或更多个可变模块的两个或更多个编码序列，其中所述两个或更多个编码序列彼此在框内；所述条形码区包含两个或更多个独特条形码，其中所述编码区中的每个可变模块与所述条形码区中特定的独特条形码相关；

(b)在所述异质群体内鉴定响应于刺激物展示出所述所选表型的遗传修饰的宿主细胞；以及

(c)从(b)鉴定的宿主细胞，通过测序鉴定和/或定量所述条形码区，由此鉴定产生所选表型的合成模块化多肽和/或其模块。

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述合成模块化多肽是：

a)模块化受体多肽，任选地嵌合抗原受体(CAR)多肽或嵌合Notch受体多肽；

b)模块化支架蛋白；

c)模块化蛋白激酶或磷酸酶蛋白；

d)模块化转录调节因子蛋白；

e)模块化表观遗传调节因子蛋白；或

f)模块化重组酶或核酸酶蛋白。

3.根据权利要求2所述的方法，其中所述合成模块化多肽是CAR，并且所述刺激物是抗原提呈细胞，所述抗原提呈细胞在它的表面上展示由所述CAR结合的抗原。

4.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述表型是以下各项中的一种或多种：

a)增殖；

b)细胞因子产生；

c)细胞表面标志物的表达；

d)报告蛋白的表达。

5.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述多个成员包含编码合成模块化多肽的核苷酸序列，所述合成模块化多肽包含选自以下的模块化结构域：抗原结合结构域、特异性结合结构域或特异性结合配偶体蛋白、共刺激结构域、共抑制结构域、细胞内信号转导结构域、跨膜结构域、支架蛋白结构域、蛋白激酶蛋白结构域、蛋白质磷酸酶蛋白结构域、受体酪氨酸激酶蛋白结构域、脂质激酶蛋白结构域、脂质磷酸酶蛋白结构域、泛素化酶蛋白结构域、去泛素化酶蛋白结构域、SUMO化酶蛋白结构域、乙酰化酶蛋白结构域、脱乙酰基酶蛋白结构域、甲基化酶蛋白结构域、脱甲基酶蛋白结构域、核酸酶蛋白结构域、重组酶蛋白结构域、转录因子蛋白结构域以及其组合。

6.一种带条形码的核酸文库，所述文库包含：

多个独特的多核苷酸，所述多个独特的多核苷酸各自包含编码独特的合成模块化多肽的核苷酸序列，其中每一个独特的多核苷酸包含：

i)编码所述独特的合成模块化多肽的编码区，所述编码区包含编码第一模块的第一编码序列，所述第一编码序列与编码第二模块的第二编码序列在框内连接，

ii)多单元条形码区，所述多单元条形码区包含对所述第一编码序列具有特异性的第一条形码，所述第一条形码与对所述第二编码序列具有特异性的第二条形码连接，其中与所述第一编码序列和所述第二编码序列相比，所述第一条形码和所述第二条形码处于相反的5'到3'顺序；并且

其中对每一个多单元条形码区进行测序允许鉴定每一个独特的合成模块化多肽。

7.根据权利要求6所述的文库，其中所述第一编码序列和所述第二编码序列直接连接而没有任何间插的非编码核苷酸。

8.根据权利要求6或7所述的文库，其中所述独特的合成模块化多肽包含共刺激结构域，任选地其中所述第一模块和所述第二模块包含不同的共刺激结构域。