[发明专利]用于最优癌症治疗的定量FR-α和GART蛋白质

权利要求书

1.一种治疗患有肺癌的患者的方法，包括：

(a)定量由获自患者的肿瘤样品制备的蛋白质消化物中特定FR-α片段肽的水平和特定GART片段肽的水平，并通过选择反应监测使用质谱来计算所述样品中FR-α和GART肽两者的水平；

(b)将所述FR-α片段肽的水平与FR-α参考水平进行比较，并将所述GART片段肽的水平与GART参考水平进行比较，以及

(c)当所述GART片段肽的水平低于所述参考水平且检测到FR-α片段肽的水平时，采用包含有效量的培美曲塞的治疗方案对患者进行治疗，或

(d)当所述GART片段肽的水平高于所述参考水平且未检测到FR-α片段肽时，采用不包含有效量的培美曲塞的治疗方案对患者进行治疗。

2.根据权利要求1所述的方法，其中GART片段肽的所述参考水平约为分析的生物样品蛋白质的900amol/μg、+/-250amol/μg、+/-150amol/μg、+/-100amol/μg、+/-50amol/μg或±25amol/μg，并且其中所述FR-α片段肽被检测为高于检测下限或未被检测到。

3.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述包含有效量的培美曲塞的治疗方案还包含有效量的顺铂。

4.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述蛋白质消化物包含蛋白酶消化物。

5.根据权利要求4所述的方法，其中所述蛋白质消化物包含胰蛋白酶消化物。

6.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中质谱包括串联质谱、离子阱质谱、三重四极质谱、MALDI-TOF质谱、MALDI质谱、混合离子阱/四极质谱和/或飞行时间质谱。

7.根据权利要求6所述的方法，其中所使用的质谱的模式是为选择反应监测(SRM)、多重反应监测(MRM)、平行反应监测(PRM)、智能选择反应监测(iSRM)、和/或多重选择反应监测(mSRM)。

8.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述特定FR-α肽具有如SEQ ID NO：1所示的氨基酸序列。

9.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述特定GART肽具有如SEQ ID NO：2所示的氨基酸序列。

10.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述肿瘤样品为细胞、细胞集合或实体组织。

11.根据权利要求10所述的方法，其中所述肿瘤样品为福尔马林固定的实体组织，并且其中所述组织可选择地为石蜡包埋的组织。

12.根据权利要求11所述的方法，其中所述生物样品的所述蛋白质消化物通过LiquidTissue方案制备而成。

13.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中定量特定FR-α片段肽包括通过与已知含量的掺入的内标肽进行比较，确定所述样品中所述FR-α肽的含量，其中生物样品中的天然肽和内标肽均对应于如SEQ ID NO：1中所示的FR-α片段肽的相同氨基酸序列。

14.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中定量特定GART片段肽包括通过与已知含量的掺入的内标肽进行比较，确定所述样品中所述GART肽的含量，其中生物样品中的天然肽和内标肽均对应于如SEQ ID NO：2中所示的GART片段肽的相同氨基酸序列。

15.根据权利要求13或14所述的方法，其中所述内标肽为同位素标记的肽，并且其中所述肽包含选自¹⁸O、¹⁷O、¹⁵N、¹³C、²H或其组合的重稳定同位素中的至少一种。