[发明专利]病毒组捕获测序平台、设计和构建方法以及使用方法

权利要求书

1.一种设计和/或构建病毒组捕获测序平台的方法，所述病毒组捕获测序平台包含用于同时检测、鉴定和/或表征已知或疑似感染脊椎动物的所有病毒的寡核苷酸，所述方法包括：

a.获得表1中所列病毒分类群中的每一种中的至少一种病毒的基因组的核苷酸序列；

b.从步骤a中获得的所述核苷酸序列提取编码序列，其中选择以80％同一性群集的编码序列进行提取；以及

c.将所述编码序列分解成片段，其中所述片段的长度为50至100个核苷酸，具有约90％序列同一性，并且以特定间隔平铺在所述编码序列上，以获得序列信息，从而设计选择性杂交至感染或疑似感染脊椎动物的所有病毒的基因组的寡核苷酸。

2.如权利要求1所述的方法，其中调整所述片段的长度，使得所有所述片段的解链温度在约不大于75℃范围内。

3.如权利要求1所述的方法，其中调整所述片段的长度，使得所有所述片段的解链温度在约不大于50℃范围内。

4.如权利要求1所述的方法，其中所述片段在所述编码序列上平铺的所述间隔的长度为25至50个核苷酸。

5.如权利要求1所述的方法，其中平台呈寡核苷酸文库的形式。

6.如权利要求1所述的方法，所述方法包括合成在步骤c中获得序列信息的所述寡核苷酸的另一步骤。

7.如权利要求1所述的方法，其中所述寡核苷酸是选自由以下各项组成的组：DNA、RNA、桥联核酸、锁核酸以及肽核酸。

8.如权利要求6所述的方法，其中所述寡核苷酸是在可裂解微阵列上合成。

9.如权利要求6所述的方法，其中对所述寡核苷酸进行修饰以包含用于结合于固体载体的组合物，所述固体载体是选自由以下各项组成的组：生物素、地高辛、配体、小有机分子、小无机分子、适体、抗原、抗体以及底物。

10.如权利要求1所述的方法，其中所述平台呈数据库形式，所述数据库包含在步骤c中获得序列信息的各寡核苷酸的序列信息、长度、解链温度以及病毒来源。

11.如权利要求1所述的方法，其中选择以约90％同一性群集的编码序列进行提取。

12.如权利要求1所述的方法，其中选择以约96％同一性群集的编码序列进行提取。

13.一种用于同时检测、鉴定和/或表征已知或疑似感染脊椎动物的所有病毒的病毒组捕获测序平台，所述平台通过如权利要求1所述的方法来构建。

14.如权利要求13所述的病毒组捕获测序平台，其呈寡核苷酸文库的形式。

15.如权利要求14所述的寡核苷酸文库，其中所述寡核苷酸连接至生物素并且结合于可裂解阵列。

16.如权利要求13所述的病毒组捕获测序平台，其呈包含各寡核苷酸的序列信息和病毒来源的数据库的形式。

17.一种构建用于样品的高通量测序的测序文库的方法，所述方法包括：

a.从所述样品分离核酸；以及

b.使所述核酸与如权利要求14所述的寡核苷酸文库的寡核苷酸接触，其中如果所述样品中的所述核酸包含来自已知或疑似感染脊椎动物的病毒的核酸，那么将形成所述样品中的所述核酸与所述寡核苷酸之间的杂交产物。

18.如权利要求17所述的方法，所述方法进一步包括扩增步骤b中获得的任何杂交产物。

19.如权利要求17所述的方法，其中来自所述样品的所述核酸包含衔接子。