[发明专利]用于预测实验油棕榈植物的棕榈油产量的方法

权利要求书

1.一种用于预测实验油棕榈植物的棕榈油产量的方法，所述方法包括以下步骤：

(i)从油棕榈植物群体的实验油棕榈植物的样品确定所述实验油棕榈植物的SNP基因型，所述SNP基因型对应于SNP标记，所述SNP标记(a)位于用于高产油量性状的QTL中，并且(b)在分层和亲缘关系校正之后，以所述群体中至少7.0的全基因组-log₁₀(p值)与所述高产油量性状相关联，或者相对于与所述SNP标记连锁的其他SNP标记具有至少0.2的连锁不平衡r²值，并且所述其他SNP标记在分层和亲缘关系校正之后，以所述群体中至少7.0的全基因组-log₁₀(p值)与所述高产油量性状相关联；

(ii)将所述实验油棕榈植物的所述SNP基因型与在与所述群体相同遗传背景下指示所述高产油量性状的相应的参考SNP基因型进行比较；以及

(iii)基于所述实验油棕榈植物的所述SNP基因型与所述相应的参考SNP基因型的匹配程度来预测所述实验油棕榈植物的棕榈油产量，

其中所述QTL是对应于以下中的油棕榈基因组的区域：

(1)QTL区域1，从染色体2的核苷酸1516571延伸至4215826；

(2)QTL区域2，从染色体2的核苷酸4858549延伸至5594262；

(3)QTL区域3，从染色体2的核苷酸33949264延伸至34110104；

(4)QTL区域4，从染色体3的核苷酸43405853延伸至43834266；

(5)QTL区域5，从染色体3的核苷酸44126148延伸至44193097；

(6)QTL区域6，从染色体4的核苷酸30702027延伸至31148630；

(7)QTL区域7，从染色体4的核苷酸33166529延伸至33451554；

(8)QTL区域8，从染色体7的核苷酸35906266延伸至36257708；

(9)QTL区域9，从染色体10的核苷酸29233675延伸至29612202；

(10)QTL区域10，从染色体11的核苷酸13470988延伸至13734716；

(11)QTL区域11，从染色体13的核苷酸24620951延伸至24989005；

(12)QTL区域12，从染色体15的核苷酸6941783延伸至7160542；

其中所述高产油量性状为在tenera油棕榈植物中减小的壳与果实比、增加的中果皮与果实比或其组合，并且

其中QTL区域1至12中SNP标记的位置信息如下：

2.如权利要求1所述的方法，其中所述实验油棕榈植物是tenera候选农业生产植物。

3.如权利要求1所述的方法，其中所述SNP标记为用于所述高产油量性状的tenera油棕榈植物中减小的壳与果实比的SNP标记，并且主要等位基因、次要等位基因、次要等位基因频率、最小壳与果实比的基因型、最大壳与果实比的基因型和关于基因型模型、显性模型和隐性模型的减小的壳与果实比的全基因组-log₁₀(p值)如下：

4.如权利要求1所述的方法，其中所述SNP标记为用于所述高产油量性状的tenera油棕榈植物中增加的中果皮与果实比的SNP标记，并且主要等位基因、次要等位基因、次要等位基因频率、最小中果皮与果实比的基因型、最大中果皮与果实比的基因型和关于基因型模型、显性模型和隐性模型的增加的中果皮与果实比的全基因组-log10(p值)如下：

5.如权利要求1所述的方法，其中用于基因型模型的QTL区域1至12中的SNP标记，称为最大的包括高产油量性状相关联的SNP等位基因的油棕榈植物相比于称为最小的缺乏SNP等位基因的油棕榈植物的平均壳与果实比和平均中果皮与果实比的差如下：

6.一种选择高产棕榈油的油棕榈植物用于农业生产棕榈油的方法，所述方法包括以下步骤：

(a)预测实验油棕榈植物的棕榈油产量，包括(i)从油棕榈植物群体的实验油棕榈植物的样品确定所述实验油棕榈植物的SNP基因型，所述SNP基因型对应于SNP标记，所述SNP标记(a)位于用于高产油量性状的QTL中，并且(b)在分层和亲缘关系校正之后，以所述群体中至少7.0的全基因组-log₁₀(p值)与所述高产油量性状相关联，或者相对于与所述SNP基因型连锁的其他SNP标记具有至少0.2的连锁不平衡r²值，并且所述其他SNP标记在分层和亲缘关系校正之后，以所述群体中至少7.0的全基因组-log₁₀(p值)与所述高产油量性状相关联；

(ii)将所述实验油棕榈植物的所述SNP基因型与在与所述群体相同遗传背景下指示所述高产油量性状的相应的参考SNP基因型进行比较；和

(iii)基于所述实验油棕榈植物的所述SNP基因型与所述相应的参考SNP基因型的匹配程度来预测所述实验油棕榈植物的棕榈油产量，

其中所述QTL是对应于以下中的油棕榈基因组的区域：

(1)QTL区域1，从染色体2的核苷酸1516571延伸至4215826；

(2)QTL区域2，从染色体2的核苷酸4858549延伸至5594262；

(3)QTL区域3，从染色体2的核苷酸33949264延伸至34110104；

(4)QTL区域4，从染色体3的核苷酸43405853延伸至43834266；

(5)QTL区域5，从染色体3的核苷酸44126148延伸至44193097；

(6)QTL区域6，从染色体4的核苷酸30702027延伸至31148630；

(7)QTL区域7，从染色体4的核苷酸33166529延伸至33451554；

(8)QTL区域8，从染色体7的核苷酸35906266延伸至36257708；

(9)QTL区域9，从染色体10的核苷酸29233675延伸至29612202；

(10)QTL区域10，从染色体11的核苷酸13470988延伸至13734716；

(11)QTL区域11，从染色体13的核苷酸24620951延伸至24989005；

(12)QTL区域12，从染色体15的核苷酸6941783延伸至7160542；

(b)如果基于步骤(a)预测所述实验油棕榈植物的所述棕榈油产量高于所述群体的平均值，则田间种植所述实验油棕榈植物用于农业生产棕榈油；

其中所述高产油量性状为在tenera油棕榈植物中减小的壳与果实比、增加的中果皮与果实比或其组合，并且

其中QTL区域1至12中SNP标记的位置信息如下：