[发明专利]用于病毒癌症新表位的组合物和方法

权利要求书

1.使用免疫疗法治疗患者癌症的方法，其包括：

产生重组核酸，所述重组核酸被配置为表达癌症特异性和患者特异性新表位；

其中所述新表位是患者的HLA型的至少一种I类MHC亚型或至少一种II类MHC亚型的高亲和力结合物；

其中所述重组核酸包含序列元件，所述序列元件指导表达的新表位向至少一种I类MHC亚型或至少一种II类MHC亚型的呈递；

用所述重组核酸转染细胞，以由此迫使细胞表达并在细胞的至少一种I类MHC亚型上或至少一种II类MHC亚型上呈递癌症特异性和患者特异性新表位；以及

其中转染的步骤在患者中进行或者其中将转染的细胞施用于患者。

2.根据权利要求1所述的方法，其中通过比较患者的患病组织和健康组织的组学数据来鉴定癌症特异性和患者特异性新表位。

3.根据权利要求2所述的方法，其中通过由突变类型、转录强度、翻译强度和事先已知的分子变异中的至少一种进行过滤来鉴定癌症特异性和患者特异性新表位。

4.根据权利要求1所述的方法，其中所述重组核酸是病毒表达载体、细菌表达载体、酵母表达载体或RNA。

5.根据权利要求1所述的方法，其中所述高亲和力结合物具有针对至少一种I类MHC亚型或至少一种II类MHC亚型的小于150nM的亲和力。

6.根据权利要求1所述的方法，其中使用de Bruijn图计算机确定患者的HLA型。

7.根据权利要求1所述的方法，其中序列元件是溶酶体靶向序列、内体靶向序列、过氧化物酶体靶向序列或细胞质保留序列。

8.根据权利要求1所述的方法，其中所述重组核酸进一步包含编码共刺激分子的序列和编码检查点抑制剂的序列中的至少一种。

9.根据权利要求1所述的方法，其中所述细胞是患者的抗原呈递细胞。

10.根据权利要求1所述的方法，其中使用腺病毒进行患者的转染。

11.根据权利要求1所述的方法，其进一步包括在代用细胞中验证新表位通过至少一种I类MHC亚型或通过至少一种II类MHC亚型的呈递的步骤。

12.根据权利要求11所述的方法，其中所述代用细胞是先前从患者获得的患者细胞或HLA相容的同种异体细胞。

13.根据权利要求1所述的方法，其进一步包括在患者癌细胞或患者癌组织中验证新表位通过至少一种I类MHC亚型或通过至少一种II类MHC亚型的呈递的步骤。

14.根据权利要求13所述的方法，其中使用结合新表位的合成结合物或抗体进行验证呈递的步骤。

15.产生用于免疫疗法的重组核酸的方法，其包括：

比较患者的患病组织和健康组织的组学数据以鉴定患者的疾病相关患者特异性新表位；

鉴定患者的HLA型的至少一种I类MHC亚型和至少一种II类MHC亚型；

测定新表位与至少一种I类MHC亚型和至少一种II类MHC亚型的结合亲和力；

当结合亲和力低于预定的阈值时选择该新表位；

产生重组核酸以包括编码所选择的新表位的核酸序列，其中编码所选择的新表位的核酸序列在驱动所选择的新表位的表达的启动子的控制之下；以及

其中所述核酸序列进一步包含序列元件，所述序列元件指导表达的选择的新表位向至少一种I类MHC亚型或至少一种II类MHC亚型的呈递。

16.根据权利要求15所述的方法，其中通过组学数据的增量同步比对来进行比较组学数据的步骤。