[发明专利]小孔硬孔菌的检测方法和小孔硬孔菌检测用试剂盒

说明书

提供一种小孔硬孔菌的检测方法，所述方法的特征在于在不从样品提取核酸的情况下检测小孔硬孔菌，所述样品含有土壤、菌丝、子实体和植物中的至少之一；和能够优选地用于该检测方法中的小孔硬孔菌检测用试剂盒。

技术领域

本发明涉及小孔硬孔菌的检测方法和小孔硬孔菌检测用试剂盒。

背景技术

小孔硬孔菌(Rigidoporus microporus)，作为感染橡胶树(Hevea brasiliensis)等的白根病病原体，是一种因感染植物根部所致的土传病害(参见，例如非专利文献2)。随着疾病的进展，受感染的植物将会枯萎。特别地，种植橡胶树等期间一个重要的问题是作为最严重的土传病害之一的白根病的早期检出和作为白根病病原体的小孔硬孔菌的防治。

出于土传病害的症状出现之前早期检出病原体的目的，构思一种通过分子生物学手段检测疑似感染的土壤或植物中病原体存在/不存在的方法。例如，在使用PCR方法的检测方法中，通过以下方式检测样品中病原体的存在/不存在：从含有土壤、植物等的样品提取核酸(DNA、mRNA等)，向需要精确温度控制和快速温度变化的聚合酶链式反应(PCR)提供具有对病原体特异的碱基序列的核酸，同时提取核酸作为模板，酌情进行转录、逆转录、扩增等，并检测其产物。

专利文献

专利文献1：JP3313358B2

专利文献2：JP4437856B2

非专利文献

非专利文献1：Nucleic acid Res.,(2000)28(12):e63

非专利文献2：S.Kaewchai等人,African Journal of Microbiology Research,(2009)vol.3,pp.641-648.

发明内容

发明要解决的问题

但是，前述使用PCR的检测方法伴随需要专门化装置和专业技巧的多阶段过程，如从样品提取病原体的核酸，通过PCR转录、逆转录、扩增核酸，和检测扩增产物等。因此，在农业领域如橡胶种植园中实际使用方面仍存在较多问题。

因此将有益的是，提供能够容易、快速和精确检测白根病的病原体小孔硬孔菌并且能够优选地在农业领域如橡胶种植园中使用的小孔硬孔菌的检测方法和小孔硬孔菌检测用试剂盒。

用于解决问题的方案

本发明是一种小孔硬孔菌的检测方法，包括在不从样品提取核酸的情况下检测小孔硬孔菌，其中样品含有土壤、菌丝、子实体和植物中的至少之一。

本发明的小孔硬孔菌检测用试剂盒包含：

正向引物，其包含：

(FIP-1)SEQ ID No.1表示的碱基序列，

(FIP-2)在SEQ ID No.1表示的碱基序列中具有一个或几个碱基的缺失、置换或添加的碱基序列，

(FIP-3)与SEQ ID No.1表示的碱基序列具有80％以上的同一性的碱基序列，或

(FIP-4)能够在严格条件下与具有SEQ ID No.2表示的碱基序列的寡核苷酸杂交的碱基序列；

正向引物，其包含：

(F3-1)SEQ ID No.3表示的碱基序列，

(F3-2)在SEQ ID No.3表示的碱基序列中具有一个或几个碱基的缺失、置换或添加的碱基序列，