[发明专利]用于分析与单个细胞相关联的核酸的核酸条形码的组合组

权利要求书

1.一种鉴定核酸样品来源的方法，其包括以下步骤：

(a)形成包含核酸样品的反应混合物，所述核酸样品包含来自单个细胞的核酸分子和条形码组；

(b)将所述条形码组并入所述样品的核酸分子中；以及

(c)鉴定并入所述单个细胞的核酸分子中的所述条形码组，从而鉴定所述核酸样品的来源。

2.根据权利要求1所述的方法，其中形成所述反应混合物包括使所述单个细胞与所述条形码组接触并裂解所述细胞以提供来自所述单个细胞的核酸样品。

3.根据权利要求1所述的方法，其中形成所述反应混合物包括提供在悬浮缓冲液中的细胞和使包含所述细胞的悬浮缓冲液与包含所述条形码组的条形编码缓冲液在一定条件下接触以形成包含所述单个细胞和所述条形码组的反应混合物。

4.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述条形码组包含各自包含独特的5'条形码的一种或多种5'核酸构建体；和各自包含独特的3'条形码的一种或多种3'核酸构建体。

5.根据权利要求4所述的方法，其中形成所述反应混合物包括提供在悬浮缓冲液中的细胞，以及使所述悬浮缓冲液与包含所述5’和3’核酸构建体的条形编码缓冲液在一定条件下接触以形成包含所述单个细胞和至少一种5'核酸构建体以及至少一种3'核酸构建体的反应混合物。

6.根据权利要求4所述的方法，其中形成所述反应混合物包括提供在悬浮缓冲液中的细胞，以及使所述悬浮缓冲液与包含所述5'核酸构建体的第一条形编码缓冲液和包含所述3'核酸构建体的第二条形编码缓冲液在一定条件下接触以形成包含所述单个细胞和至少一种5'核酸构建体以及至少一种3'核酸构建体的反应混合物。

7.根据权利要求4至6中任一项所述的方法，其中所述构建体还包含独特的分子标识符(UMI)序列。

8.根据权利要求4至7中任一项所述的方法，其中每种5'核酸构建体以附接到固体表面的多个拷贝提供。

9.根据权利要求4至8中任一项所述的方法，其中每种3'核酸构建体以附接到固体表面的多个拷贝提供。

10.根据权利要求8或9所述的方法，其中所述固体表面是珠粒、微珠、微粒、微球、纳米粒子、纳米珠粒或水凝胶。

11.根据权利要求4至10中任一项所述的方法，其中所述反应混合物包含来自所述单个细胞的核酸样品、包含所述5'核酸构建体的多个拷贝的至少一个珠粒和包含所述3'核酸构建体的多个拷贝的至少一个珠粒。

12.根据权利要求4至11中任一项所述的方法，其中每个5'和3'核酸构建体还包含可光裂解的连接子或限制性酶位点。

13.根据权利要求4至11中任一项所述的方法，其中每种5'核酸构建体还包含可光裂解的连接子，并且每种3'核酸构建体还包含限制性酶位点。

14.根据权利要求4至11中任一项所述的方法，其中每种5'核酸构建体还包含限制性酶位点，并且每种3'核酸构建体还包含可光裂解的连接子。

15.根据权利要求13或14所述的方法，其中所述方法还包括使所述反应混合物与限制性酶接触并将所述反应混合物暴露于紫外光以从所述固体表面释放所述5'和3'核酸构建体。

16.根据权利要求12所述的方法，其中所述5'和3'核酸构建体还包含限制性酶位点，并且所述方法还包括使所述反应混合物与限制性酶接触以从所述固体表面释放所述5'和3'核酸构建体。