[发明专利]在配对的颊粘膜拭子和尿液样本中使用微卫星分析进行膀胱癌检测

说明书

本申请公开了高效精确检测膀胱癌的方法。特别地，所述方法使用膀胱癌标记物的微卫星分析利用来自患者的匹配的颊粘膜拭子和尿液样本以确定杂合性丢失或微卫星不稳定性的存在情况。在一些癌症标记物分组中，检测到的在两个标记物中的杂合性丢失或微卫星不稳定性可以指示患有膀胱癌。

相关申请的交叉引用

本申请基于2015年12月8日提交的美国临时专利申请号62/264,504的公开内容，并且要求上述申请提交日期的优先权，其全部公开内容在此通过引用并入本申请。

发明领域

本申请公开了可用于检测膀胱癌的组合物和方法。

发明背景

膀胱癌在美国男性和女性中分别是第4常见和第7常见的恶性肿瘤。在美国男性和女性中，每年分别诊断出60,000和18,000起膀胱癌的新病例。大约75％的患者患有该疾病的浅表型，并且这些患者的15％处于该疾病发展成侵袭型的风险。大约70％患有该疾病的浅表型的患者在10年内经历疾病复发，其中大多数的复发在初始诊断后的两年内检测到。由于这些原因，患有该疾病的浅表型的患者需要对疾病发展和复发进行监测。

目前，膀胱癌监控的护理标准包括持续两年、每三个月一次的膀胱镜检查和尿细胞学检查，随后每年一次膀胱镜检查、尿细胞学检查和上尿路的X射线评估。然而，由于细胞学检查的灵敏度和特异性分别为仅25-50％和90-100％，这种监控方法并不是最优的。尽管膀胱镜检查的灵敏度较高(90-100％)，这一程序收费昂贵，需要复杂的仪器以及无菌环境。而且，由于其侵入性的性质，这一程序具有固有的损伤、并发症和感染的风险。

因此，需要既灵敏又对膀胱癌具有特异性的，并且与其他检测方法相比具有较低的并发症的风险的检测膀胱癌的方法。本申请公开的方法和试剂盒涉及上述的以及其他的重要需求。

发明简述

特别地，为了应对上述未满足的需求，本申请公开了在受试者中检测杂合性丢失的方法，包括：从膀胱样本和匹配的对照样本中扩增微卫星标记物的组以产生扩增产物的组，其中所述标记物的组包括FGA、D9S747、MBP、D9S162、THO1、IFN-A、D21S1245和D20S48；检测所述扩增产物；比较来自所述膀胱样本的扩增产物和来自所述匹配的对照样本的扩增产物；和在所述膀胱样本中确定杂合性丢失是否存在于任意一个所述标记物中。

还提供了在受试者中检测膀胱癌的方法，包括：使用本申请所述的引物从膀胱样本和对照样本中扩增微卫星标记物的组；检测所述反应产物；和在所述膀胱样本中确定是否多于一个的所述微卫星标记物展现出杂合性丢失或微卫星不稳定性，其中在至少两个微卫星标记物中展现杂合性丢失或不稳定性指示患有膀胱癌。

本申请还公开了试剂盒，其包括具有特定核酸序列的引物以及所述引物的包装。

附图简述

结合附图阅读时，将进一步地理解该简述以及以下详述。为了说明公开的方法和试剂盒的目的，附图中示出了所述方法和试剂盒的示例性的实施方式；然而，所述方法和试剂盒不限于公开的具体实施方式。在附图中：

图1显示了IFN-A基因座处的LOH；

图2显示了对D9S171基因座中另外的等位基因的检测；

图3显示了在D16S476基因座中检测到的人工信号；

图4提供了显示在STR标记物处的LOH的电泳图，所述STR标记物位于9q32处；

图5提供了用于研究患有膀胱癌的受试者的特征和相关样品号的汇总；

图6A示出了对照受试者N1的MSA数据；