[发明专利]一个与猪细胞因子IFNγ相关的SNP分子标记及其制备方法

权利要求书

1.一个与猪细胞因子IFNγ相关的SNP分子标记，其特征在于：所述SNP分子标记的核苷酸序列为：CACTTTAGGA[A/G]TTCCTGTTTT，所述核苷酸序列的11bp处有一个A11-G11的碱基突变，导致多态性；

所述SNP分子标记在猪病毒免疫性状检测中应用。

2.根据权利求1所述的一个与猪细胞因子IFNγ相关的SNP分子标记，其特征在于：所述SNP分子标记位于1号染色体的264617769处，即为等位基因的突变位点，所述SNP分子标记与细胞因子IFNγ呈极显著相关；

所述猪细胞来源于品种为杜洛克×二花脸的猪，该猪细胞的1号染色体上具有SNP分子标记位。

3.一种如权利要求1或2所述的与猪细胞因子IFNγ相关的SNP分子标记的制备方法，其特征在于：包括如下步骤：

(1)提取猪基因组DNA；

(2)Elisa细胞因子检测：对35日龄小猪进行Poly I:C模拟病毒刺激，刺激4小时后采血，分离血清进行Elisa细胞因子检测；

(3)基因分型：将所述猪基因组DNA样品在全基因组芯片上做基因分型；

(4)细胞因子与基因型间的关联分析：采用PLINK软件进行数据的质量控制；采用GenABEL软件包进行全基因组关联分析，从中选取与IFNγOD值显著关联的SNP，注释该SNP，再通过生物信息学方法对目标区域内的基因进行功能注释，确定与猪病毒免疫性状相关联的SNPs。

4.根据权利要求3所述的一种与猪细胞因子IFNγ相关的SNP分子标记的制备方法，其特征在于：所述Elisa细胞因子检测，包括如下步骤：

(1)用标准品稀释液倍比稀释IFNγ标准液使终浓度分别为500、250、125、62、31、16、8、0pg/mL；

(2)用Streptavidin-HRP稀释液将Streptavidin-HRP稀释至终浓度2.5μL/mL；

(3)在酶标板中每孔加50μL标准稀释液或待测样品，室温孵育1h；

(4)用Wash buffer清洗3次，每孔加100μL生物素标记的抗体，室温孵育1h；

(5)用Wash buffer清洗3次，每孔加100μL Streptavidin-HRP，室温孵育30min；

(6)Wash buffer清洗3次，每孔加100μLTMB底物，避光反应30min；

(7)每孔加100μL stop solution终止反应；

(8)酶标仪绘制标准曲线，测待测样品OD值。

5.根据权利要求3所述的一种与猪细胞因子IFNγ相关的SNP分子标记的制备方法，其特征在于：所述提取猪基因组DNA为从猪血液中提取猪基因组DNA，按常规DNA提取方法得到DNA溶液，并将所述DNA溶液和1μL加样缓冲液混匀，上样于1.2％的琼脂糖凝胶，120V电压电泳20～25分钟，紫外灯下观测电泳结果并拍照，判断DNA的完整性；对提取后的DNA进行质量检测，A260/A280的比值在1.8-2.2之间，A260/A230在1.8-2.2之间被判定为合格。

6.根据权利要求3所述的一种与猪细胞因子IFNγ相关的SNP分子标记的制备方法，其特征在于：所述全基因组芯片中包含61177个SNP位点，所述质量控制为采用PLINK软件对所有个体的原始基因型数据进行质控检验，以SNP基因型检出率(SNP call rate)>90％、最小等位基因频率(minor allele frequency,MAF)>0.01、哈代-温伯格平衡(Hardy-WeinbergEquilibrium,HWE)检验的P值<10-5以及样本检出率(sample call rate)>90％指标为标准，质控后共得到43481个SNP。