[发明专利]鉴定番茄黄化曲叶病毒抗性基因的分子标记及其应用

说明书

本申请提供了鉴定番茄黄化曲叶病毒抗性基因的分子标记及其应用，包括用于鉴定番茄黄化曲叶病毒抗性基因的引物对和试剂盒，鉴定番茄是否含有番茄黄化曲叶病毒抗性基因的方法，以及区分抗番茄黄化曲叶病毒番茄和感番茄黄化曲叶病毒番茄的方法。本申请所提供的分子标记能够快速准确地鉴定出番茄黄化曲叶病毒抗性基因，具有通量高、准确性好、效率高等优点，尤其适用于大规模材料的检测。

技术领域

本申请属于分子生物学领域，具体涉及番茄黄化曲叶病毒抗性基因Ty-1紧密连锁的InDel分子标记及其应用。

背景技术

番茄是一种在全世界栽培极为广泛的蔬菜，也是我国的主要栽培蔬菜之一。然而在番茄生产过程中，病毒病日益严重，导致产量和品质下降，因此选育抗病品种就显得十分重要。

近几年，由番茄黄化曲叶病毒(Tomato yellow leaf curl virus,TYLCV)引起的番茄黄化曲叶病毒病已成为全世界番茄生产上危害最严重的病害之一(Jones，2009)。培育抗病新品种是防治此病的根本途径(Abdelbacki et al.，2010)。

目前，番茄抗病育种主要是用Ty-1及Ty-3作为主抗病基因源。Ty-1和Ty-3为等位基因，且基因序列已被克隆(Verlaan et al.，2013)，这为分子标记辅助育种奠定了基础。

目前对于Ty-1的分子标记主要为CAPS标记。REX-1标记很长一段时间内被用于Mi1基因的鉴定，后来随着Ty-1基因的定位，发现REX-1标记与Ty-1基因也存在紧密连锁关系，也可以应用于Ty-1基因的鉴定(Milo，J.，2001.)，但是REX-1标记与Ty-1基因之间存在一定的重组。2007年(Pérez de Castro et al.，2007)又开发了CAPS标记JB1。

然而，CAPS标记均需要对PCR产物进行酶切，实验流程长，操作复杂，不适宜规模型操作。后期国内的学者也陆续开发了一些标记，例如，于力(2008)、付婉(2013)等人开发的标记都存在试验步骤繁琐、流程长、效率低、通量有限的弊端。

发明内容

一方面，本申请提供了鉴定番茄是否含有番茄黄化曲叶病毒抗性基因的方法，其包括：利用选自以下的至少一种引物对来扩增待鉴定的番茄样品中的核酸片段：其中，第一引物对包含正向引物：5’-ATGGGTGATCCGTTGATTGAAGA-3’，和反向引物：5’-GGAAGAAGAGCGTTTGAGTAGAC-3’；和/或第二引物对包含正向引物：5’-GGGTGATCCGTTGATTGAAG-3’，和反向引物：5’-TCTTCTTGATAGGACGACGTGA-3’；以及确定所扩增的核酸片段的长度，其中，当第一引物对扩增的核酸片段包含308bp长度和/或第二引物对扩增的核酸片段包含208bp长度时，所述番茄样品含有黄化曲叶病毒抗性基因。

在一实施方案中，所述方法中所使用的引物对还包含荧光基团。在另一实施方案中，所述荧光基团选自羧基荧光素、六氯荧光素、羧基四甲基罗丹明和羧基-X-罗丹明。

在一实施方案中，所述方法中所使用的番茄样品选自叶片、种子和果实。