[发明专利]一种公猪KDM5B基因插入/缺失多态性的检测方法及其应用

说明书

本发明公开了一种公猪KDM5B基因插入/缺失多态性的检测方法及其应用。该方法以公猪全基因组DNA为模板，通过PCR扩增KDM5B基因，随后进行琼脂糖凝胶电泳，根据电泳结果鉴定KDM5B基因在NC_010452.3:g.52599_52633位点存在35‑bp插入/缺失多态性。KDM5B基因35‑bp插入/缺失多态性不同基因型与40日龄长白猪公猪睾丸短轴长、睾丸重等繁殖性状之间显著相关，KDM5B基因35‑bp插入/缺失多态性位点能够作为提高长白猪公猪繁殖性状的分子标记，故本发明有利于长白猪公猪繁殖性状的标记辅助选择(MAS)，有利于快速建立遗传资源优良的公猪种群。

技术领域

本发明属于生物技术与家畜育种领域，涉及基因插入/缺失多态性的检测，特别涉及一种快速、准确检测公猪KDM5B基因NC_010452.3:g.52599_52633位点35-bp插入/缺失多态性的方法。

背景技术

猪作为中国人最主要的肉类消费品，在中国存栏量巨大。培育具有优良生产性状的种质资源是供给充足猪肉的保障。通过研究猪基因组遗传信息，寻找与繁殖性能、抵抗力、畜产品品质、饲料转化率等性状相关基因的多态性，并将这些基因多态信息应用在猪分子育种领域，有利于培育和改良出更多具有优良生产性能的品种。

猪是一种重要的模式动物，应用在人类疾病研究和器官移植等领域。同时猪也是一种重要的经济动物，全球猪肉产量在过去十年上涨60％，目前猪肉占全球肉产品总量的三分之一左右。农业部公布的数据显示，2015年全国生猪出栏量为70,825万头，猪肉产量达到5,487万吨，占年肉产品总产量的65％，占全球猪肉总产量的49.9％，总产值为13,325亿元。在我国，大力发展养猪业不仅能满足人民日益增长的消费需求，也可以促进经济的快速发展。

提供足够数量和质量的畜产品需要优良的种质资源作为保证，而育种技术关系到培育品种是否优良。相对于以表型和表型值为基础的传统育种方法，运用以DNA多态为基础的分子育种技术，可以对那些传统育种方法难以进行选择的重要经济性状(繁殖性状、畜产品品质性状等)进行改良。

得益于近几十年来生物学技术的快速发展，分子标记辅助选择(marker-assistedselection，MAS)已经成为现代育种技术体系的重要组成部分。该技术首先检测重要基因的DNA多态性，随后分析DNA多态与遗传性状之间的相关性，最后挑选与遗传性状显著相关的DNA标记进行性状选择。MAS技术可以在DNA水平上快速准确地分析个体遗传组成，提高家畜育种的定向性，育种值估计的准确性，缩短培育年限。

MAS极大地推动了分子育种技术的发展。寻找重要功能基因、筛查重要基因遗传变异位点、分析重要功能基因遗传变异位点与生长性能的相关性，是MAS技术应用的前提和关键。目前，很多分子遗传标记已经应用在分子育种领域，而新一代的遗传图谱标记仍在不断地被发掘。

天然的遗传变异形式可以归纳为以下三种，单核苷酸多态(Single NucleotidePolymorphisms，SNPs)、插入/缺失(Insertions and Deletions，Indels)以及基因组结构变异(Structural Variations，SVs)。Indel是指在近缘物种或同一物种不同个体之间基因组同一位点的序列发生不同大小核苷酸片段的插入或缺失。目前将Indel定义为50bp以下插入和缺失的总称。尽管Indel在人类基因组所有染色体上均有分布，且含量仅次于SNPs，但对它的研究程度远不如SNPs和SVs深入。

Indel可以划分为5个主要类别：①单个碱基对的插入或缺失；②只一个碱基对的扩增；③2-15bp的扩增；④转座子插入；⑤随机DNA序列的插入或缺失。其中第五类Indel所占比例最高，转座子插入所占比例最少。