[发明专利]桑葚病原菌高通量鉴定及种属分类方法及其应用

权利要求书

1.一种桑葚菌核病病原菌高通量鉴定及种属分类方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：

S1.收集桑葚病果；

S2.提取桑葚病果的总DNA；

S3.Illumina DNA文库构建；

S4.Illumina高通量测序；

S5.去除测序数据中桑树基因组序列；

S6.组装微生物基因组序列；

S7.组装完整核糖体DNA序列；

S8.筛选标记微生物核糖体DNA序列；

S9.对比分析核糖体DNA序列进行种属分类；

步骤S2所述提取桑葚病果的总DNA的方法为：剪取桑病果中的患病区域，加入液氮充分研磨，用真菌DNA提取试剂盒提取病果总DNA，所述总DNA保存于-20℃冰箱；

步骤S3所述Illumina DNA文库构建的方法为：依照Illumina文库构建流程，将所述步骤S2中所述总DNA构建为片段大小400～600bp的双末端高通量测序文库；

步骤S4所述Illumina高通量测序的方法为：用Illumina Hiseq 2500测序仪对所述步骤S3中所述DNA文库进行高通量测序。

2.根据权利要求1所述桑葚病原菌高通量鉴定及种属分类方法，其特征在于，步骤S5所述去除测序数据中桑树基因组序列的方法为：

利用比对软件对步骤S4中所述高通量测序数据进行数据比对分析；选择比对算法，将所述测序数据与桑树参考基因组进行比对，并将比对上参考基因组的所述测序数据判定为桑树基因组序列；使用编写的计算机程序从所述测序数据中去除桑树基因组序列；

S5所述去除桑树的基因组DNA序列选用的参考基因组序列为：

桑属Morus川桑(Morus notabilis)全基因组序列(Genbank登陆号GCA_000414095.2)及其叶绿体全基因组序列(Genbank登陆号NC_027110.1)。

3.根据权利要求2所述桑葚病原菌高通量鉴定及种属分类方法，其特征在于，所述比对软件为bwa(0.7.12-r1039)软件。

4.根据权利要求2所述桑葚病原菌高通量鉴定及种属分类方法，其特征在于，所述比对算法为mem比对算法。

5.根据权利要求2所述桑葚病原菌高通量鉴定及种属分类方法，其特征在于，所述将测序数据与桑树参考基因组进行比对的是双末端比对方法和bwa(0.7.12-r1039)软件的默认参数。

6.根据权利要求2所述桑葚病原菌高通量鉴定及种属分类方法，其特征在于，所述编写的计算机程序用python计算机语言编写。

7.根据权利要求1所述桑葚病原菌高通量鉴定及种属分类方法，其特征在于，步骤S6所述组装微生物基因组序列的方法为：使用组装软件对步骤S5所述已去除桑树基因组序列的测序数据进行组装。

8.根据权利要求7所述桑葚病原菌高通量鉴定及种属分类方法，其特征在于，所述组装软件为MetaVelvet(v1.2.01)。

9.根据权利要求1所述桑葚病原菌高通量鉴定及种属分类方法，其特征在于，步骤S7所述组装完整核糖体DNA序列的方法为：采用比对软件，对所述组装序列进行比对，根据比对结果从测序数据中获取双末端测序片段，使用组装软件对序列进行组装和延伸，经多个循环操作，直至获得完整的核糖体DNA序列。

10.根据权利要求9所述桑葚病原菌高通量鉴定及种属分类方法，所述比对软件为bwa

(0.7.12-r1039)软件。

11.根据权利要求9所述桑葚病原菌高通量鉴定及种属分类方法，所述比对方法采用无错配(0mismatch)和无空缺(0gap)比对。