[发明专利]一种限制型心肌病基因数据处理装置

说明书

技术领域

本发明涉及基因数据处理技术领域，具体地，涉及一种限制型心肌病基因数据处理装置。

背景技术

生物标志物(Biomarker)是指可以标记系统、器官、组织、细胞及亚细胞结构或功能的改变或可能发生的改变的生化指标，具有非常广泛的用途。生物标志物可用于疾病诊断、判断疾病分期或者用来评价新药或新疗法在目标人群中的安全性及有效性。对于疾病的鉴定、早期诊断及预防、治疗过程中的监控可能起到帮助作用。寻找和发现有价值的生物标志物已经成为目前研究的一个重要热点。

心肌病是一组由于心脏下部分腔室(即心室)的结构改变和心肌壁功能受损导致心脏功能进行性障碍的病变，其发病机理至今尚未完全明确，人类限制型心肌病转录组的研究表明，有一系列的基因与心脏衰竭有关。Hannenhalli等人研究表明，与正常人相比，有1020个基因在缺血性限制型心肌病(ischemic cardiomyopathy)病人中差异表达，有1002个基因在特发性限制型心肌病(idiopathic cardiomyopathies)病人中差异表达。但是已有生物标记物之间是独立的，没有考虑基因之间的相互联系。然而，生物体本身是一个完整的系统，各个基因之间是存在联系的。不考虑基因之间的联系，很难反映限制型心肌病患者的真实情况。

发明内容

针对现有技术上的不足，本发明提供一种限制型心肌病基因数据处理装置。

为了解决上述技术问题，本发明通过以下技术方案得以实现：

一种限制型心肌病基因数据处理装置，包括基础数据获取模块、分析模块、算法建立模块、初筛选模块、重筛选模块和分析鉴定模块，所述基础数据获取模块获取样本基因表达谱；所述分析模块所述样本基因表达谱进行分析，以获取对应的基因数据，各个所述基因数据包括若干基因的基因表达量；所述算法建立模块建立筛选算法；所述初筛选模块筛选使用上述筛选算法筛选出的表达基因数据；所述分析鉴定模块用于确定所述共表达基因对数据为限制型心肌病生物标志物。

优选地，所述算法建立模块中建立的算法如下：

Max[T(m,n)]-min[T(m,n)]＜δ

其中，T(m,n)＝X(m,k)/X(n,k)，k＝1，2…N，X(m,k)表示基因m的第k个样本的基因表达量，X(n,k)表示基因n的第k个样本的基因表达量，δ表示基因m和基因n的近似程度。

优选地，所述样本基因表达谱包括缺血性限制型心肌病患者、特发性限制型心肌病患者以及非限制型心肌病患者的基因表达谱。

相对于现有技术，本发明的有益效果：

1、本发明可以根据筛选得到的共表达基因对数据，进行生物功能及生物网络分析，以便于获取心肌病生物标志物，用于识别非心肌病患者、缺血性心肌病患者以及特发性心肌病患者，并研究缺血性心肌病患者和特发性心肌病患者的发病机理。

2、本发明在基因数据中筛选出共表达基因对数据，在基因数据中获取关于心脏肌肉收缩和心肌病的基因数据，在共表达基因对数据中，获取包括关于心脏肌肉收缩和心肌病的基因数据的共表达基因对数据，可以提高心肌病患者的识别精准度。

3、本发明在共表达基因对数据中，获取包括关于生物代谢过程的基因数据的共表达基因对数据，确定共表达基因对数据为心肌病生物标志物，可以提高心肌病患者的识别精准度。

附图说明

此处的附图被并入说明书中并构成本说明书的一部分，示出了符合本发明的实施例，并与说明书一起用于解释本发明的原理。

图1是本发明的结构示意图。

具体实施方式

结合以下实施例对本发明作进一步描述。

一种限制型心肌病基因数据处理装置，包括基础数据获取模块、分析模块、算法建立模块、初筛选模块、重筛选模块和分析鉴定模块，所述基础数据获取模块获取样本基因表达谱；所述分析模块所述样本基因表达谱进行分析，以获取对应的基因数据，各个所述基因数据包括若干基因的基因表达量；所述算法建立模块建立筛选算法；所述初筛选模块筛选使用上述筛选算法筛选出的表达基因数据；所述分析鉴定模块用于确定所述共表达基因对数据为限制型心肌病生物标志物。

优选地，所述算法建立模块中建立的算法如下：

Max[T(m,n)]-min[T(m,n)]＜δ

其中，T(m,n)＝X(m,k)/X(n,k)，k＝1，2…N，X(m,k)表示基因m的第k个样本的基因表达量，X(n,k)表示基因n的第k个样本的基因表达量，δ表示基因m和基因n的近似程度。