[发明专利]用于检测血浆ctDNA中基因变异的试剂盒

说明书

技术领域

本发明属于分子体外诊断领域，具体涉及特别适用于检测血浆ctDNA中基因变异的试剂盒。

背景技术

游离DNA(Cell Free nucleic acids，cfDNA)是指存在血浆或血清、脑脊液等细胞外游离状态的核酸片段，约160～180bp，是细胞DNA在生理或病理条件下的产物。

研究表明肿瘤病人外周血中存在cfDNA显著高于健康人群，并且这些cfDNA携带有肿瘤患者的基因的变异信息(包括肿瘤基因的变异突变等)，称之为循环肿瘤DNA(circulating tumor DNA，ctDNA)。其主要来源于坏死的肿瘤细胞，循环肿瘤细胞，凋亡的肿瘤细胞及来自肿瘤细胞的外分泌小体。肿瘤患者的ctDNA中，常见的变异类型有SNV(single nucleotide variant，单核苷酸变异)、CNV(Copy Number Variation，拷贝数变异)及FUSION(融合)等。

因ctDNA占cfDNA的含量极低，需要先通过DNA富集的方法将目标ctDNA富集起来，然后通过富集的ctDNA进行测序，得到其携带信息，并根据测序得到的携带信息来解读个体患病情况。常用的DNA的富集方法是基于PCR平台的多重PCR的方法，该方法适用于捕获一些很小的区域，或者一些已知位点及其周围较短距离(热点上下游150bp以内)区域，该方法具有快速有效、灵敏度高等特点。目前，很多公司推出了多重PCR富集ctDNA相关基因区域的试剂盒(如Life公司的Oncomine cfDNA Assays等)，但这些试剂盒只能检测SNV，对于CNV及FUSION，该类产品均不能准确检出，因此，多重PCR方法的适用性受到较大的限制。

发明内容

鉴于上述现有技术中存在的不足，本发明的目的在于提供一种用于检测血浆ctDNA中基因变异的试剂盒，使用该试剂盒进行基因检测，并通过高通量测序平台进行测序，能够同时稳定的检出基因SNV、CNV以及FUSION。

本发明的发明人为解决上述问题进行了深入研究，结果发现：在血浆ctDNA基因变异的检测方法中，通过使用基因捕获的探针，即针对SNV区域设计的探针、针对CNV区域设计的探针、针对FUSION区域设计的探针，公共引物如SEQ ID NO:1所示核苷酸序列引物，以及标签引物如SEQ ID NO:2～SEQ ID NO:5所示核苷酸序列引物。可以同时稳定的检出基因SNV、CNV以及FUSION。

即本发明包括：

1.一种用于检测血浆ctDNA中基因变异的试剂盒，其包括用于基因捕获的探针，所述基因捕获的探针包括：针对SNV区域设计的探针、针对CNV区域设计的探针、针对FUSION区域设计的探针，公共引物如SEQ ID NO:1所示核苷酸序列引物，以及标签引物如SEQ ID NO:2～SEQ ID NO:5所示核苷酸序列引物。

2.根据项1所述的试剂盒，其中，所述基因捕获的探针是生物素化的。

3.根据项1或2中所述的试剂盒，其中，所述基因捕获试剂盒还包括链霉亲和素标记的磁珠。

4.根据项1所述的试剂盒，其中，所述试剂盒还包括用于提供杂交捕获反应的离子环境的缓冲液。

5.根据项1所述的试剂盒，其中，所述试剂盒还包括用于洗脱物理吸附或非特异性杂交的清洗液。

6.根据项1所述的试剂盒，其中，所述试剂盒用于在肿瘤相关基因的基因捕获测序中进行基因捕获；优选地，所述基因捕获测序用于检测肿瘤相关基因的SNV、CNV、以及FUSION。

7.一种血浆ctDNA中基因变异的检测方法，其中，使用项1～6中任一项所述试剂盒进行基因检测。

8.一种用于检测血浆ctDNA中基因变异的二代测序DNA文库的构建方法，其中，包括对构建的文库进行基因捕获的步骤，其中所述基因捕获使用项1～7中任一项所述的试剂盒进行。

9.一种捕获探针，其中，所述基因捕获的探针包括针对SNV区域设计的探针、针对CNV区域设计的探针、和/或针对FUSION区域设计的探针。

有益效果：相对于现有方法，本发明的试剂盒能够同时检测更多的区域，同时检测出基因SNV、CNV及FUSION。

附图说明

图1为实施例1中样本1的CNV检测结果的示意图。

发明的具体实施方式

本说明书中提及的科技术语具有与本领域技术人员通常理解的含义相同的含义，如有冲突以本说明书中的定义为准。