[发明专利]一种序列自动拼接方法及装置

权利要求书

1.一种序列自动拼接方法，其特征在于，包括以下步骤：

S1：获取测序样本并对其进行预处理，所述测序样本包括多个测序数据序列；

S2：计算每个测序数据序列的长度，选择长度最长的测序数据序列并记为起始序列；

S3：从其余测序数据序列中选择一个并记为待拼接序列；

S4：将起始序列与待拼接序列进行比对；

S5：当该起始序列与该待拼接序列存在长度大于预设值M的公共子串时，则将该起始序列与该待拼接序列进行拼接并得到一拼接序列，并将该拼接序列记为新的起始序列；

S6：判断是否还有测序数据序列未拼接，若是，则依次执行S3、S4以及S5；若否，则执行S7；

S7：生成测序结果文件；

所述预处理具体包括根据系统预设的信号强度阈值将每个测序数据序列的低置信度区域去除，以及对酒精峰的识别判定；

所述测序结果文件包括拼接测序结果以及使用说明。

2.如权利要求1所述序列自动拼接方法，其特征在于，所述预设值M＝20。

3.如权利要求1所述序列自动拼接方法，其特征在于，所述S4具体为将起始序列与待拼接序列的正向序列、反向序列、互补序列以及反向互补序列依次进行比对。

4.一种序列自动拼接装置，其特征在于，包括：

预处理模块，用于获取测序样本并对其进行预处理，所述测序样本包括多个测序数据序列；

起始序列选择模块，用于计算每个测序数据序列的长度，选择长度最长的测序数据序列并记为起始序列；

待拼接序列选择模块，用于从其余测序数据序列中选择一个并记为待拼接序列；

比对模块，用于将起始序列与待拼接序列进行比对；

拼接模块，用于当该起始序列与该待拼接序列存在长度大于预设值M的公共子串时，则将该起始序列与该待拼接序列进行拼接并得到一拼接序列，并将该拼接序列记为新的起始序列；

判别模块，用于判断是否还有测序数据序列未拼接，若是，则依次执行待拼接序列选择模块、比对模块以及拼接模块；若否，则执行结果生成模块；

结果生成模块，用于生成测序结果文件；

所述预处理具体包括根据预设的信息强度阈值将每个测序数据序列的低置信度区域去除，以及对酒精峰的识别判定；

所述测序结果文件包括拼接测序结果以及使用说明。

5.如权利要求4所述序列自动拼接装置，其特征在于，所述预设值M＝20。

6.如权利要求4所述序列自动拼接装置，其特征在于，所述比对模块具体为用于将起始序列与待拼接序列的正向序列、反向序列、互补序列以及反向互补序列依次进行比对。