[发明专利]一种鉴定胚胎平衡易位断裂点和平衡易位携带状态的方法

权利要求书

1.一种非疾病诊断目的的鉴定胚胎平衡易位携带状态的方法，所述胚胎是经体外受精发育到卵裂球时期或囊胚时期的胚胎，所述方法的特征在于，包括如下步骤：

(1’)确定胚胎平衡易位断裂点，其中

(i)获取父母DNA和来自该父母的多个胚胎的待测样本；

(ii)对待测样本进行扩增，构建文库后测序；

(iii)将步骤(ii)获得的基因组序列与参考基因组进行比对，从而获得基因组序列在参考基因组上的位置信息；

(iv)将所述的参考基因组分成N个区域片段，其中每个区域片段为一个窗口且一个窗口的长度为1×10²-1×10⁶ bp，计算每个窗口的拷贝数；

(v)确定正常拷贝数的阈值范围，逐个计算每个窗口及周围窗口拷贝数的三均值M_i，所述的周围窗口的数量为10-100，所述三均值的计算公式为：M＝Q1/4+中位数/2+Q3/4，其中，Q1为下四分位数，Q3为上四分位数；将M_i不落在阈值范围的窗口记录下来，连续的窗口合并，直到遇到正常窗口；

所述正常拷贝数的阈值范围为N’–σ到N’+σ之间，其中，所述N’为待测样本的倍体，所述σ为0.05-0.2；或者

所述正常拷贝数的阈值范围为N’-m×SD到N’+m×SD之间，其中，所述N’为待测样本的倍体，所述m为1-3中的任意整数，所述SD为待测样本所有窗口拷贝数的标准差；

(vi)将步骤(v)连续的窗口定义为一级区域，继续计算一级区域每个窗口及周围窗口的三均值M_nps，所述周围窗口的数量为3-10，第一个窗口为第1断点bp₁，每遇到正常和异常转换的窗口，为断点bp_i；所述的每遇到正常和异常转换的窗口具体为第一个窗口为第1断点bp₁，逐一计算每个窗口，当出现至少连续2个M_nps落在异常范围时，记录该窗口为第2断点bp₂，继续扫描，直到出现至少连续2个M_nps回到正常范围时，记录该窗口为第3断点bp₃，这样每遇到正常和异常转换的窗口，记录一个断点bp_i，直到一级区域的最后一个窗口；

(vii)每两个断点之间定义为二级区域，计算每个二级区域窗口拷贝数的三均值M_j，和拷贝数正常范围比较，M_j落在异常范围的二级区域即为精确的拷贝数变异区域，其中M_j为该区域的拷贝数，所述区域的起始和终止的位置即为拷贝数变异的起始和终止断点；

(viii)选取拷贝数异常的多个胚胎，用步骤(i)-(vii)计算每个胚胎的两条染色体平衡易位的断裂点，分别计算两条染色体平衡易位断裂点的三均值，即为胚胎精确的平衡易位的断裂点；

其中，所述i和j独立地为1至N的任意正整数；

(2’)检测断裂点周围的SNP，所述断裂点周围的长度为2×10⁵-5×10⁶ bp，所述SNP的数量为10-500；

(3’)胚胎单倍型分析：挑选有效的SNP，其中所述有效的SNP为父方母方中有一方为纯合子有一方为杂合子，根据其中父母一方的SNP基因型进行分型，通过拷贝数正常的胚胎构建父母另外一方的单倍型；

(4’)将拷贝数异常的胚胎进行单倍型分型，再将分型结果分类，分成易位携带和不携带两类，确定单倍型的分型结果；

(5’)确定胚胎携带状态：将拷贝数正常的胚胎进行单倍型分型，再与步骤(4’)所述单倍型的分型结果进行比对，确定胚胎易位携带状态。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤(1’)的(i)中所述的待测样本为胚胎的活检细胞。

3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，所述活检细胞为胚胎发育到卵裂球时期或囊胚时期取下的外胚层细胞。

4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤(1’)的(ii)中所述的扩增为单细胞扩增。