[发明专利]一种针对基因测序数据的存取方法

权利要求书

1.一种针对基因测序数据的存取方法，其特征在于，所述针对基因测序数据的存取方法包括以下步骤：

基于操作系统用户空间创建文件系统；

定义所述文件系统的访问方式；

定义所述文件系统的数据存储方式；

定义所述文件系统的数据读取方式；

通过所述文件系统实现针对基因测序数据的存取。

2.根据权利要求1所述的针对基因测序数据的存取方法，其特征在于，所述基于操作系统用户空间创建文件系统包括：在Linux用户空间创建一个文件系统，运行在Linux上，需要调用Linux/Fuse模块。

3.根据权利要求1所述的针对基因测序数据的存取方法，其特征在于，所述定义所述文件系统的访问方式包括：定义整个文件系统的访问流程如下：

用户程序发起IO读写请求；

用户的请求传递给操作系统GLIBC；

GLIBC将请求传递给虚拟文件系统接口VFS；

VFS统一了文件访问接口，将IO请求传递到Fuse内核模块；

Fuse内核模块将IO请求传递到用户空间GLIBC；

GLIBC将IO请求传递到Fuse的用户空间Libfuse；

Libfuse将数据请求传递到文件系统。

4.根据权利要求3所述的针对基因测序数据的存取方法，其特征在于，所述文件系统的基本操作通过Python来实现。

5.根据权利要求1所述的针对基因测序数据的存取方法，其特征在于，所述定义所述文件系统的数据存储方式包括：经过测序仪测序完成的基因数据fastq存入到文件系统，对fastq文件进行识别，自动调用针对fastq的基因数据压缩算法quip对fastq进行压缩，然后进行存储。

6.根据权利要求5所述的针对基因测序数据的存取方法，其特征在于，所述定义所述文件系统的数据读取方式包括：接受用户读取请求，调用quip对文件进行解压缩，透明地将数据反馈给请求用户。

7.根据权利要求6所述的针对基因测序数据的存取方法，其特征在于，所述压缩算法quip可替换为普通的gzip压缩算法。

8.根据权利要求7所述的针对基因测序数据的存取方法，其特征在于，所述针对基因测序数据的存取方法包括：编写接口使文件系统透明支持第三方针对基因数据的压缩方法。

9.根据权利要求1至8之一所述的针对基因测序数据的存取方法，其特征在于，所述文件系统的数据写入流程如下：

1)数据从用户应用写入文件系统，调用create函数；

2)调用write函数，将数据写入到文件系统；

3)调用release函数；

4)对文件的格式进行判断，如果是已经压缩了，就不用进行操作，到步骤6)；

5)如果是原始fastq数据则进行压缩，到步骤6)；

6)关闭文件系统。

10.根据权利要求1至8之一所述的针对基因测序数据的存取方法，其特征在于，所述文件系统的数据读取流程如下：

1)数据从用户应用打开文件系统，调用open函数；

2)判断该文件是否已经压缩；

3)如果已经压缩调用解压缩到步骤5)；

4)如果尚未压缩，直接到步骤5)；

5)调用read函数；

6)调用release函数，关闭文件。