[发明专利]尿液ctDNA中EGFR基因突变位点的检测

说明书

本发明提出了尿液ctDNA中EGFR基因突变位点的检测，具体提出了从尿液样本中分离ctDNA的方法、基于尿液样本构建测序文库的方法、测序文库、基于尿液样本进行核酸测序方法、用于从尿液样本中分离ctDNA的设备以及确定个体药物敏感性的系统。从尿液样本中分离ctDNA的方法包括：向尿液样本中加入EDTA，以便得到第一混合液；将混合液进行离心处理，收集上清液；将上清液进行浓缩处理，以便得到浓缩液；将浓缩液与阴离子交换树脂进行混合处理，以便得到第二混合液；将第二混合液进行色谱分离处理，以便得到洗脱液；以及将洗脱液进行纯化处理，以便得到ctDNA。本发明能够从大量尿液样本中快速、大量地提取出ctDNA，并能够对其进行核酸测序，还可以确定个体药物敏感性，从而提高了尿液ctDNA的应用前景。

技术领域

本发明涉及生物领域。具体地，本发明涉及尿液ctDNA中EGFR基因突变位点的检测。

背景技术

循环肿瘤DNA(circulating tumor DNA,ctDNA)是由肿瘤细胞释放到循环系统如血液中的基因组小片段，其来源于机体所有肿瘤部位，具有含量极低、个体间差异大、半衰期短、匀质性、携带有肿瘤特异性遗传学/表观遗传学变异等特点。这些来自肿瘤基因组的DNA片段会携带一定的特征，包括突变，缺少，插入，重排，拷贝数异常及甲基化等。

然而，目前对于ctDNA的获得方式及其应用仍有待开发。

发明内容

本发明旨在至少在一定程度上解决现有技术中存在的技术问题至少之一。为此，本发明提出了一种从尿液样本中分离ctDNA的方法、基于尿液样本构建测序文库的方法、测序文库、基于尿液样本进行核酸测序方法、用于从尿液样本中分离ctDNA的设备以及确定个体药物敏感性的系统。本发明能够从大量尿液样本中快速、大量地提取出ctDNA，并能够对其进行核酸测序，还可以确定个体药物敏感性，从而提高了尿液ctDNA的应用前景。

为此，在本发明的一个方面，本发明提出了一种从尿液样本中分离ctDNA的方法。根据本发明的实施例，所述方法包括：向所述尿液样本中加入EDTA，以便得到第一混合液；将所述第一混合液进行离心处理，收集上清液；将所述上清液进行浓缩处理，以便得到浓缩液；将所述浓缩液与阴离子交换树脂进行混合处理，以便得到第二混合液；将所述第二混合液进行色谱分离处理，以便得到洗脱液；以及将所述洗脱液进行纯化处理，以便得到所述ctDNA。发明人发现，采用离子交换层析方法能够快速、大量地分离得到尿液样本中的ctDNA。

根据本发明的实施例，上述从尿液样本中分离ctDNA的方法还可以具有下列附加技术特征：

根据本发明的实施例，所述方法包括：向110毫升所述尿液样本中加入终浓度为10mmoL/L的EDTA，以便得到第一混合液；将所述第一混合液在18～23℃的温度、1800g的转速下离心10分钟，收集上清液；将所述上清液浓缩至4毫升，以便得到浓缩液；将所述浓缩液与750微升Q琼脂糖阴离子交换树脂进行混合处理，以便得到第二混合液；将所述第二混合液进行色谱柱洗脱处理，以便得到洗脱液；以及将所述洗脱液进行纯化处理，以便得到所述ctDNA。