[发明专利]一种检测多指畸形GLI3基因突变的PCR引物、探针及荧光定量PCR检测方法

说明书

本发明涉及人基因组DNA突变检测技术领域，具体涉及一种检测多指畸形GLI3基因突变的PCR引物、探针及荧光定量PCR检测方法，该PCR引物包括用于扩增GLI3基因基因多态位点的1对共2条引物；该探针包括用于检测GLI3基因基因多态位点的2条探针，每一条探针包含13‑25个碱基的序列，其5’端具有荧光基团标记，3’端具有MGB基团标记。本发明的PCR引物特异性好；本发明的探针特异性好，检测灵敏精确；本发明的荧光定量PCR检测方法可以检测多指畸形GLI3基因突变，准确性好，灵敏度高，步骤简单，操作控制方便，检测效率高。

技术领域

本发明涉及人基因组DNA突变检测技术领域，具体涉及一种检测多指畸形GLI3基因突变的PCR引物、探针及荧光定量PCR检测方法。

背景技术

多指(趾)畸形（polydactyly，PD）是以手/足有一个或者多个额外的指(趾)样赘生物为特征，可以单发或多发畸形的形式出现，是我国常见的先天畸形之一。根据中国出生缺陷监测网的资料，其发生率一直居于前三位。国内外报道的发生率在 5/万-19/万之间，存在明显的种族和地理差异。

从目前报道的病例中我们发现，PD往往是孤立的症状，合并其它肢体器官畸形较少见。赘指虽多数没有功能或功能受限，但却严重影响相邻健指的功能及形态。另一方面，PD 患儿常因此被同龄人孤立，长期以往容易形成内向自卑性格，影响与人交往，甚至影响恋爱、工作及婚姻。目前我国产前诊断技术尚不成熟，尽管超声检查具有无创、快速等特点，但 PD 的产前诊断受仪器的分辨率以及切面定位、胎儿宫内姿势以及超声检查人员水平的限制，诊断率仅能达到 60%-70%。

目前多指的治疗主要以手术切除为主，部分复杂类型尚需截骨及肌腱移位等功能重建，平均住院手术及后继治疗费用约 4500 元/例。而庞大的患者人群，将会对家庭及社会造成沉重的经济负担。若能在多指的基因诊断上取得突破，可以做出早期产前诊断，将能节省很大的医疗资源及经济负担。

根据国内外的文献报道，GLI3基因（NM_000168）多个位点的突变与多指畸形密切相关。本研究团队在多指畸形患者的DNA中发现了一个GLI3基因的新突变，编码区4507位碱基由C突变成T，在正常人群中未检测到该突变。

发明内容

为了克服现有技术中存在的缺点和不足，本发明的目的在于提供一种检测多指畸形GLI3基因突变的PCR引物、探针及荧光定量PCR检测方法。

本发明的目的通过下述技术方案实现：一种检测多指畸形GLI3基因突变的PCR引物，包括用于扩增GLI3基因基因多态位点的1对共2条引物，2条引物的序列分别为：

Ltbp1F：5'- GTGACAAGCACAGTGGACAGC -3'

Ltbp1R：5'-GCCCTGAGCCCAAGTATCTTC-3'。

一种检测多指畸形GLI3基因突变的探针，包括用于检测GLI3基因基因多态位点的2条探针，每一条探针包含13-25个碱基的序列，其5’端具有荧光基团标记，3’端具有MGB基团标记。

优选的，所述2条探针的序列分别为：

Ltbp1G：5'-VIC-AGGGGTATAGATTGACTTCG-MGB-3'

Ltbp1C：5'-FAM-AGGGGTACAGATTGACTTC-MGB-3'。

一种检测多指畸形GLI3基因突变的试剂盒，包括上述所述的PCR引物和上述所述的探针。

一种用于非治疗目的检测多指畸形GLI3基因突变的荧光定量PCR检测方法，包括如下步骤：

（1）提取模板DNA：从病人的血液中提取模板DNA；