[发明专利]探究参与林木miRNAs生物形成通路的基因与miRNAs之间调控机制的方法和系统

权利要求书

1.一种探究参与林木miRNAs生物形成通路的基因与miRNAs之间调控机制的方法，其特征在于，包括：

(1)获得参与miRNAs生物形成通路的基因；

(2)获得miRNAs生物形成通路的基因与miRNAs的SNP基因型；

(3)利用epiSNP软件检测目的基因间的上位性模式；

(4)利用RT-qPCR技术对基因间的上位性效应进行验证。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤(2)进一步包括：

(1)通过对种质资源库个体的基因组重测序，获得每株个体的基因组序列；

(2)经序列比对，获得目标基因的基因型；

(3)对基因型进行筛选，所述筛选的标准是每个标记需产生三种基因型且最少的SNP基因型频率≥10％。

3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，所述种质资源库为毛白杨种质资源库，

任选地，所述个体的数量为435株。

4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，在步骤(3)中，所述检测目的基因间的上位性模式包含检测自然群体个体的表型性状，

任选地，所述自然群体为毛白杨自然群体，

任选地，所述个体的数量为435株，

任选地，所述表型性状的数量为10。

5.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤(3)进一步包括：对获得的显著关联结果进行FDR多重检验，

任选地，步骤(3)进一步包括：基于获得的显著关联，筛选出miRNAs生物形成通路基因与miRNAs之间的上位效应。

6.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤(4)进一步包括：从miRNAs生物形成通路基因与miRNAs之间的上位效应对中任取一对基因，探究上位效应的发生对miRNA的表达水平产生的影响，

任选地，步骤(4)进一步包括：，对于每种基因型组合从关联群体中随机选取10株个体用于基因间上位效应的验证。

7.基因间的上位性效应在研究参与miRNAs生物形成通路的基因与miRNAs之间的调控关系中的用途。

8.一种探究参与林木miRNAs生物形成通路的基因与miRNAs之间调控机制的系统，其特征在于，包括：

获得基因装置，所述获得基因装置用于获得参与miRNAs生物形成通路的基因；

获得SNP基因型装置，所述获得SNP基因型装置用于获得miRNAs生物形成通路的基因与miRNAs的SNP基因型；

获得上位性模式装置，所述获得上位性模式装置用于利用epiSNP软件检测目的基因间的上位性模式；

验证装置，所述验证装置用于利用RT-qPCR技术对基因间的上位性效应进行验证。

9.根据权利要求8所述的系统，其特征在于，所述获得SNP基因型装置包括：

重测序单元，所述重测序单元用于通过对种质资源库个体的基因组重测序，获得每株个体的基因组序列；

比对单元，所述比对单元用于经序列比对，获得目标基因的基因型；

第一筛选单元，所述筛选单元用于对基因型进行筛选。

10.根据权利要求8所述的系统，其特征在于，所述获得上位性模式装置包括：检测表型形状单元，所述检测表型形状单元用于检测自然群体个体的表型性状，

任选地，所述获得上位性模式装置进一步包括：FDR多重检验单元，所述FDR多重检验单元用于对获得的显著关联结果进行FDR多重检验，

任选地，所述获得上位性模式装置进一步包括：第二筛选单元，所述第二筛选单元用于基于获得的显著关联，筛选出miRNAs生物形成通路基因与miRNAs之间的上位效应，

任选地，所述验证装置进一步包括：探究表达水平单元，所述探究表达水平单元用于从miRNAs生物形成通路基因与miRNAs之间的上位效应对中任取一对基因，探究上位效应的发生对miRNA的表达水平产生的影响，

任选地，所述验证装置进一步包括：上位效应的验证单元，所述上位效应验证单元对于每种基因型组合从关联群体中随机选取10株个体用于基因间上位效应的验证。