[发明专利]利用上位性解析毛白杨LncRNA Pto-CRTG及其靶基因Pto-CAD5互作关系的方法及系统

权利要求书

1.一种利用上位性解析毛白杨LncRNA Pto-CRTG及靶基因Pto-CAD5互作关系的方法，其特征在于，所述方法包括：

S1,从毛白杨杂交群体中选取生长量最高和最低的基因型个体；

S2,从所述最高和最低生长量的毛白杨个体的成熟木质部样品中提取总RNA，得到代表毛白杨高生长量的总RNA和低生长量的总RNA；

S3,将提取出的高生长量总RNA等量混合后构建高生长量cDNA文库，同时，将提取出的低生长量总RNA等量混合后构建低生长量cDNA文库，并分别对高生长量cDNA文库和低生长量cDNA文库进行RNA-seq测序；

S4,基于测序结果及LncRNA的预测流程，获得所述高生长量cDNA文库和低生长量cDNA文库中的LncRNA的注释信息；

S5，基于LncRNA的表达量，筛选出高生长量与低生长量个体木质部中差异表达倍数最高的LncRNA Pto-CRTG，以便获得候选LncRNA Pto-CRTG；

S6,基于所述候选LncRNA Pto-CRTG预测其Cis作用方式的靶基因；

S7,依据预测结果，从已有毛白杨成熟木质部cDNA文库中分离获得所述候选LncRNAPto-CRTG的Cis作用方式的靶基因Pto-CAD5；

S8，选择毛白杨关联作图群体及测定表型；

S9，依据所述Pto-CRTG与Pto-CAD5的基因序列，在毛白杨关联群体中进行SNP的发现与基因型分型；

S10，依据Pto-CRTG与Pto-CAD5基因在毛白杨关联群体中的各SNP位点基因型和毛白杨关联群体表型数据，进行标记与性状的上位性关联分析。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述注释信息包括选自位置、类型及数量的至少之一。

3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，在所述步骤S1中，毛白杨杂交群体中最高和最低生长量个体的选取依据下列参数的至少之一：树高、胸径和材积。

4.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，在所述步骤S4中，最高生长量与最低生长量的LncRNA的预测流程中，筛选出表达量大于1.0的LncRNA。

5.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述Pto-CAD5是距离Pto-CRTG上下游10kb范围以内的编码蛋白基因。

6.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述LncRNA Pto-CRTG具有SEQ ID NO：1所示的核苷酸序列，所述Pto-CAD5具有SEQ ID NO：2所示的核苷酸序列。

7.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，在步骤S9中，所述SNP的发现与基因型分型包括：

S901，毛白杨关联作图群体基因组总DNA的提取；

S902，LncRNA Pto-CRTG基因及靶基因Pto-CAD5的扩增；

S903，PCR产物的克隆与测序；

S904，SNP的发现和基因型分型。

8.根据权利要求7所述的方法，其特征在于，在步骤S902中，

用于扩增LncRNA Pto-CRTG基因的引物具有SEQ ID NO：3和SEQ ID NO：4所示的核苷酸序列，

扩增靶基因Pto-CAD5的引物具有SEQ ID NO：5和SEQ ID NO：6所示的核苷酸序列。