[发明专利]用于食蟹猴起源（亚群）鉴定的SNP标记及其应用

说明书

本发明公开一种用于食蟹猴起源(亚群)鉴定的SNP标记及其应用。该SNP标记包括48个SNP位点，为SNP1～SNP48，并分别表示其位于SEQ ID NO：1～SEQ ID NO：48所示的核苷酸序列的第61位。本发明采用生物信息技术的优势开发出能用于食蟹猴起源(亚群)鉴定的48个SNP标记，对于进口食蟹猴真实起源(亚群)的鉴定，SNP标记的应用可大大降低成本和简化操作。SNP标记应用可达到快速初筛和降低检测成本的目的，从而促进食蟹猴起源(亚群)鉴定标准化进程。

技术领域

本发明涉及利用基因组生物信息分析技术的优势，具体涉及一种用于食蟹猴起源(亚群)鉴定的SNP标记及其应用；通过高通量测序并筛选出食蟹猴的 48个SNP标记，用以区分不同起源(亚群)的食蟹猴。

背景技术

目前国内生物医药产业迅猛发展，实验动物作为生物医药产业的重要支撑条件及生命科学研究的重要材料，其质量直接关系到实验结果的可靠性和真实性。实验动物的遗传质量是实验动物质量好坏的重要因素之一，只有应用遗传特性稳定的实验动物才能保证生物医学研究结果具有可比性及实验结果的可靠性。因此，实验动物质量标准化，尤其遗传质量的标准化将直接影响生物医药的研发水平。但由于缺乏统一的、标准化的遗传质量控制标准，实验动物的遗传质量监控也渐渐成为其生产应用中较突出的问题。就目前情况而言，筛查到国内外广泛认可的有效遗传标记是实现实验动物遗传质量监测技术突破的有途径之一。

目前，我国实验动物遗传监测主要推行国家标准(GB 14923-2010)，主要采取形态学(毛色基因测试法)、数量遗传学(下颌骨测定法)、免疫标记基因检测法(皮肤移植法)以及生化标记基因检测法等。这些方法各有优势，而且在实验动物的繁殖生产和日常监测管理工作中仍有至关重要的使用价值，但随着实验动物科学和分子生物学的飞速发展，传统的检测方法包括国标力推的生化标记基因检测法、皮肤移植法和免疫学检测法已不能完全适应多种品系实验动物的遗传监测工作。

随着DNA指纹技术、随机扩增多态性(RAPD)、微卫星和单核苷酸多态性 (SNP)等一系列分子遗传标记的发现，微卫星和SNP标记脱颖而出，已经大量应用于实验动物的遗传检测，其中，SNP标记是继生化标记和RAPD遗传标记之后的第三代DNA分子标记，具有位点丰富、遗传稳定、筛选规模化等显著优点。然而，相比于目前先进的分子检测技术及国际同行的领先程度，我国的遗传监测标准还有待改进，且刻不容缓。

发明内容

为了克服现有技术的缺点与不足，本发明的目的在于提供一种用于食蟹猴起源(亚群)鉴定的SNP标记。

食蟹猴(Macaca fascicularis)是生物医药研究中常用的灵长类动物，其自然分布区域在灵长类中仅次于人类及恒河猴，主要分布于亚洲东南部国家，其不同区域种群间的遗传差异会对相同实验的治疗效果产生一定偏差影响，因此，本发明旨在利用高通量测序筛选出食蟹猴的48个SNP标记，用以区分不同起源 (亚群)的食蟹猴。

本发明的另一目的在于提供所述的用于食蟹猴起源(亚群)鉴定的SNP标记的应用。

本发明的目的通过下述技术方案实现：

本发明首先对由20只已知起源(亚群)的食蟹猴DNA样本组成的简化代表文库进行简化基因组测序，利用生物信息学方法仔细筛选出48个起源(亚群) 标记(AIMs panel)，尽量最大覆盖整个基因组，用以鉴定未知地理起源(亚群) 食蟹猴的起源(亚群)鉴定。

然后，随机抽取了400只未知起源(亚群)的食蟹猴，应用48个SNP(AIMs panel)对提取的DNA进行基因分型，并用STRUCTURE来鉴定食蟹猴的地理起源(亚群)，并将已知起源(亚群)(分别为印度支那、毛里求斯、马来西亚群岛及菲律宾群岛)的食蟹猴作为参考样本。