[发明专利]一套适用于鉴定啤酒花品种及纯度的SNP位点及其应用

说明书

技术领域

本发明属于生物技术领域，具体涉及一套适用于鉴定啤酒花品种及纯度的SNP位点及其应用。

背景技术

啤酒花(Humulus lupulus)，又名忽布、香蛇麻花、酒花和野酒花。在我国主要分布在新疆、东北、华北以及山东、甘肃和陕西等省份。啤酒花是一种具有贵重经济价值和药用价值的作物。啤酒花含有树脂类、挥发油、黄酮类、鞣质、胆碱、粗纤维，氨基酸等多种化学成分，具有抗菌、抗肿瘤、抗氧化、镇静等活性。其中所含的树脂赋予啤酒独特的芳香和清爽的苦味；鞣质既能消除发酵过程中产生的乳酸菌，又能将酒液中多余的蛋白质凝固、分离出来使酒液澄清。因此啤酒花是酿造啤酒过程中必不可少的主要原料。近年来，我国啤酒生产企业对于啤酒花原料的采购不仅来自地产，同样进口啤酒花也占一定市场份额，而市场上提供的某些啤酒花原料存在着不同程度的混杂，而啤酒企业对啤酒花原料又没有简便有效的鉴定手段，由此对啤酒企业造成了经济损失。因此，高效准确的啤酒花品种及纯度的鉴定方法亟需建立。

DNA分子标记是近年来常用的鉴定品种及纯度的有效手段。SNP(single nucleotide polymorphism)，即单核苷酸多态性，是第三代分子标记，与其他分子标记相比具有无可比拟的优势，因此在品种分型检测方面被推荐为更新换代的标记。SNP标记具有以下的优势： 1.遗传变异稳定；2.适用于高通量大规模筛选和准确的基因分型；3.样品DNA仅需要ng级。本研究利用英国LGC(Laboratory of the Government Chemist，政府化学家实验室)有限公司的 KASP技术，基于10个国内外常用的啤酒花品种全基因组测序结果，发掘了啤酒花基因组中 SNP位点，目前筛选出了5个多态性较好的啤酒花SNP位点，通过利用合成的5组KASP特异性引物进行实时定量PCR，根据PCR产物的荧光强度来对啤酒花进行品种及纯度检测。该方法建立了标准化、高效率、低成本的分子检测平台，为啤酒花样品品种真实性及纯度鉴定鉴定了良好的基础。

发明内容

1.本发明的第一个目的，旨在提供一套利用啤酒花的5个SNP位点来对啤酒花进行基因分型。所述的5个SNP位点的信息如下：

SNP位点1为NCBI上提交的Contig LD161349.1的第9970位核苷酸，具体所在序列如下： GCCACCTACAACAATTCAAGGTGCCAGAAGGACACTTGGATCTCAGCGAACCAGGTCCTGAGGGCGCCCA CATAAGAATATCAGCCACTCTGTCAGGAAAACAACTCCT(A/C)GTATGCAGTTGCTATTTGGAGGGCAAACA CCCCAAGTTGAACTACAACGAGTTAATCAGATAGCTCGGGAAAACAGAGACGGACTCCCTTCTAATCCGAC；

SNP位点2为NCBI上提交的Contig LD205009.1的第1776位核苷酸，具体所在序列如下： CTCGTGGAGAGTGAGACCACGCGGTTCTAAGAACACGCGCCTGTGCTCCCAACAAATCCCCAATTACTCGG AATTCGTGTGTCAGGAGGGTCAGGTTAGAATTTT(G/T)CCTTGGAGGGAAAGTTCCAATAGGCAAGAAAGG CAAAACCGCCTGTGAAGCGTGTCCCCTAAGCTACCTGGTTTTGGACCCAAAATACTGGAAA；

SNP位点3为NCBI上提交的Contig LD169680.1的第2676位核苷酸，具体所在序列如下： GTCAGGAGTTCTCAGATTACAGCTGCAAGAAGAAAGGACAGGTAAGAGAA GAATTGATCTGAAGCCGCAA AGAAGCTAATGAAGAGCGTCTGAAG(A/G)ATTGAAAGCATAACAAGACTGGTAAGCGCGTCATCTATTGCAC AAGCACCTCCGGAGACGACTACATCAGAGATGAGAAGAACAGCAAAACTTG；

SNP位点4为NCBI上提交的Contig LD167190.1的16972位核苷酸，具体所在序列如下: