[发明专利]一套适用于鉴定高粱品种及纯度的SNP位点及其应用

说明书

技术领域

本发明属于生物技术领域，具体涉及一套适用于鉴定高粱品种及纯度的SNP位点及其应用。

背景技术

高粱（Sorghum），别名蜀黍、高粱米，一年生草本植物。高粱在中国的分布范围很广泛，东起台湾，西起新疆，北至黑龙江，南至西沙群岛，跨越了热带、亚热带、暖温带、温带和寒温带共5个气候区均有高粱栽培。高粱是我国常见的粮食原料、饲料，更是最重要的酿酒原料。作为酿酒原料，在固态发酵中，高粱经蒸煮后，疏松适度，熟而不粘，利于发酵。因此高粱是酿造白酒过程中必不可少的主要原料。近年来，由于国内外各种高粱品种混杂，品质参差不齐，严重影响了酿造白酒的质量。因此，高效准确的高粱品种及纯度的鉴定方法亟需建立。

DNA分子标记是近年来常用的鉴定品种及纯度的有效手段。SNP(single nucleotide polymorphism)，即单核苷酸多态性，是第三代分子标记，与其他分子标记相比具有无可比拟的优势，因此在品种分型检测方面被推荐为更新换代的标记。SNP标记具有以下的优势：1.遗传变异稳定；2.适用于高通量大规模筛选和准确的基因分型；3.样品DNA仅需要ng级。本研究利用英国LGC(Laboratory of the Government Chemist，政府化学家实验室)有限公司的KASP技术，基于10个国内常用的高粱品种全基因组测序结果，发掘了高粱基因组中SNP位点，目前筛选出了5个多态性较好的高粱SNP位点，通过利用合成的5组KASP特异性引物进行实时定量PCR，根据PCR产物的荧光强度来对高粱进行品种及纯度检测。该方法建立了标准化、高效率、低成本的分子检测平台，为高粱样品品种真实性及纯度鉴定鉴定了良好的基础。

发明内容

1.本发明的第一个目的，旨在提供一套利用高粱的5个SNP位点来对高粱进行基因分型。所述的5个SNP位点的信息如下：

SNP位点1为G01位点，具体所在序列如下：

AAGAATTCTATCTCTCACCTGCAGT[C/T]CATCAGCCTGTGAGAGATGCTGGAG；

SNP位点2为G02位点，具体所在序列如下：

GGGTTTAAAACGTCGTGAGACAGTT[C/T]GGTTCCTATCTACCGTTGGTGTTAA；

SNP位点3为G03位点，具体所在序列如下：

AAGTAAGGTATATTTATATATAGCC[A/G]TGGTTTGTAATACACAAGCCGACCC；

SNP位点4为G04位点，具体所在序列如下:

CCGCCTTGCATTGACTTGAGACTGC[A/G]TCAACAAGCTATGGAGAGAGAAGGA；

SNP位点5为G05位点，具体所在序列如下：

CAATCAGAGCCATAGCCACATCAGC[A/C]GACTACAGAGCTATACGCGCTGCCT；

2.本发明的第二个目的，旨在提供一套用于鉴定高粱品种及纯度的5个SNP位点，结合KASP特异性引物及PCR试剂对高粱样品进行品种及纯度的鉴定。

所述的5组引物如下：

(1)用于检测高粱基因组SNP位点G01的引物组1为：

上游引物1(5’-3’)：AAGAATTCTATCTCTCACCTGCAGTC

上游引物2(5’-3’)：AAGAATTCTATCTCTCACCTGCAGTT

下游引物(5’-3’)：CTCCAGCATCTCTCACAGGCTGATG

(2)用于检测高粱基因组SNP位点2的引物组2为：

上游引物1(5’-3’)：GGGTTTAAAACGTCGTGAGACAGTTC

上游引物2(5’-3’)：GGGTTTAAAACGTCGTGAGACAGTTT

下游引物(5’-3’)：TTAACACCAACGGTAGATAGGAACC

(3)用于检测高粱基因组SNP位点3的引物组3为：

上游引物1(5’-3’)：AAGTAAGGTATATTTATATATAGCCA

上游引物2(5’-3’)：AAGTAAGGTATATTTATATATAGCCG

下游引物(5’-3’)：GGGTCGGCTTGTGTATTACAAACCA

(4)用于检测高粱基因组SNP位点4的引物组4为：