[发明专利]一种检测测序平台索引序列污染的方法及引物有效
| 申请号： | 201710288996.4 | 申请日： | 2017-04-27 |
| 公开（公告）号： | CN107164464B | 公开（公告）日： | 2021-12-21 |
| 发明（设计）人： | 刘莉玲;刘舒;田志坚;刘娜 | 申请（专利权）人： | 武汉华大医学检验所有限公司 |
| 主分类号： | C12Q1/686 | 分类号： | C12Q1/686;C12N15/11 |
| 代理公司： | 深圳鼎合诚知识产权代理有限公司 44281 | 代理人： | 彭家恩;彭愿洁 |
| 地址： | 430073 湖北省武汉*** | 国省代码： | 湖北;42 |
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| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | 一种 检测 平台 索引 序列 污染 方法 引物 | ||
1.一种检测测序平台索引序列污染的方法，其特征在于：包括采用污染索引序列的特异性引物，对存在污染的测序通道的所有子文库分别进行PCR扩增，根据PCR扩增结果中是否有特异性扩增，判断相应的子文库是否存在索引序列污染，从而检测出测序平台索引序列的污染源；
所述污染索引序列的特异性引物包括上游引物和下游引物，上游引物和下游引物中的其中一条引物为测序平台通用引物，另一条引物的3’末端为污染索引序列的序列或其反向互补序列；
所述上游引物为Seq ID No.1所示序列，所述下游引物为Seq ID No.2所示序列；
Seq ID No.1：5’-AATGATACGGCGACCACCGAGATC-3’
Seq ID No.2：5’-GACGGCATACGAGATTTNx-3’
所述下游引物的3’末端的Nx为污染索引序列的序列，x为污染索引序列的长度，通常x为6-10。
2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：所述PCR扩增为实时荧光PCR。
3.一种检测测序平台索引序列污染的引物，其特征在于：所述引物为污染索引序列的特异性引物，用于对受污染的测序通道的子文库进行PCR扩增，以检测污染索引序列的来源；
所述引物包括上游引物和下游引物，上游引物和下游引物中的其中一条引物为测序平台通用引物，另一条引物的3’末端具有污染索引序列的序列或其反向互补序列；
所述上游引物为Seq ID No.1所示序列，所述下游引物为Seq ID No.2所示序列；
Seq ID No.1：5’-AATGATACGGCGACCACCGAGATC-3’
Seq ID No.2：5’-GACGGCATACGAGATTTNx-3’
所述下游引物的3’末端的Nx为污染索引序列的序列，x为污染索引序列的长度，通常x为6-10。
4.一种检测测序平台索引序列污染的试剂盒，其特征在于：所述试剂盒中包含权利要求3所述的引物。
5.根据权利要求4所述的试剂盒，其特征在于：所述试剂盒采用权利要求1或2所述的方法，对测序平台的索引序列污染进行检测。
6.一种检测测序平台索引序列污染的系统或装置，其特征在于：所述系统或装置采用权利要求1或2所述的方法，对测序平台的索引序列污染进行检测。
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