[发明专利]一种同时检测黄牛FoxO1基因两个插入缺失位点的方法及其应用

权利要求书

1.一种同时检测黄牛FoxO1基因两个插入缺失位点的方法，其特征在于：包括以下步骤：

以黄牛的基因组DNA为模板，以引物对E3和E4为引物，通过一次Touch-down PCR程序扩增FoxO1基因上两个Indel位点：Indel3和Indel4，其中Indel3是rs383545622，Indel4是rs525318770，将两个Indel位点所对应的扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳检测，根据电泳结果同时分型鉴别黄牛个体存在的两个与生长性状显著关联的Indel位点的基因型；

所述的引物对E3为：

上游引物Indel3-F：5’-CGCCCTCAAATCTGTGGTGT-3’

下游引物Indel3-R：5’-TGCTTGCCAGGACAAGGTTA-3’

所述的引物对E4为：

上游引物Indel4-F：5’-TATTACAGCGCAGCTTGGGAT-3’

下游引物Indel4-R：5’-TTCAGTGAGCTCAGGCATTCA-3’。

2.如权利要求1所述的同时检测黄牛FoxO1基因两个插入缺失位点的方法，其特征在于：所述的两个Indel位点定位于牛FoxO1基因第二内含子区。

3.如权利要求1所述的同时检测黄牛FoxO1基因两个插入缺失位点的方法，其特征在于：所述的两个Indel位点中，Indel3的插入缺失序列为ATTCTGTCTGC，Indel4的插入缺失序列为CCTGGTGGT。

4.如权利要求1所述的同时检测黄牛FoxO1基因两个插入缺失位点的方法，其特征在于：所述的Touch-down PCR的扩增体系包括50ng/μL模板DNA 0.3μL、10pmol的两引物对的上、下游引物各0.3μL，2×Taq PCR Master Mix 5μL以及去离子水3.5μL。

5.如权利要求1所述的同时检测黄牛FoxO1基因两个插入缺失位点的方法，其特征在于：所述的Touch-down PCR程序为：95℃预变性5min；94℃变性30s，68℃退火30s且-1℃每循环，72℃延伸30s，共18个循环；然后94℃变性30s，50℃退火30s，72℃延伸30s，共25个循环；最后72℃延伸10min。

6.如权利要求1所述的同时检测黄牛FoxO1基因两个插入缺失位点的方法，其特征在于：所述的琼脂糖凝胶的质量浓度为3.5％。

7.如权利要求1所述的同时检测黄牛FoxO1基因两个插入缺失位点的方法，其特征在于：所述Indel3不同基因型的电泳结果为：插入型为236bp的一个条带，缺失型为225bp的一个条带，杂合型为225bp和236bp的两个条带；所述Indel4不同基因型的电泳结果为：插入型为127bp的一个条带，缺失型为118bp的一个条带，杂合型为118bp和127bp的两个条带。

8.如权利要求1-7中任意一项权利要求所述的同时检测黄牛FoxO1基因两个插入缺失位点的方法在黄牛分子标记辅助选择中的应用。