[发明专利]一组用于改良稻米品质的分子标记及水稻改良方法和应用

权利要求书

1.一种基于一组用于改良稻米品质的分子标记改良稻米品质的方法，所述分子标记包括qSS7基因的KASP标记、GS3基因的KASP标记和Chalk5基因的KASP标记；所述qSS7基因的KASP标记的引物序列如SEQ ID NO：1、SEQ ID NO：2和SEQ ID NO：3所示；所述GS3基因的KASP标记的引物序列如SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：5和SEQ ID NO：6所示；所述Chalk5基因的KASP标记的引物序列如SEQ ID NO：7、SEQ ID NO：8和SEQ ID NO：9所示；包括以下步骤：

1)以高垩白、短圆粒基因型为qss7/GS3/Chalk5类型的待改良品种为受体亲本，以同时包含低垩白等位基因chalk5和长粒等位基因gs3的种质材料和另一个包含低垩白等位基因qSS7的水稻种质为供体亲本；

2)将受体亲本分别与供体亲本做杂交，获得杂交种F1；

3)将受体亲本作为母本，分别与步骤2)获得的杂交种F1单株做杂交，获得回交种子BC1F1；

4)在步骤3)获得的BC1F1植株苗期，提取植株DNA样品，利用所述分子标记进行分子标记辅助选择，筛选含有低垩白等位基因chalk5、长粒等位基因gs3和低垩白等位基因qSS7的植株，将其作为父本继续与受体亲本分别做杂交，获得BC2F1种子；

5)在步骤4)获得的BC2F1植株苗期，提取植株DNA样品，重复步骤4)的步骤获得BC3F1种子；

6)将步骤5)获得的BC3F1杂交单株种植成行，自交，收获杂交种BC3F2；

7)将步骤6)获得的BC3F2种植成50～200株的分离群体，在苗期提取DNA，利用所述分子标记筛选同时含有低垩白等位基因chalk5和长粒等位基因gs3的以及仅含有低垩白等位基因qSS7的纯合导入的两类植株即基因型为qss7/gs3/chalk5和qSS7/GS3/Chalk5两种纯合基因的单株；

8)以步骤7)获得的qss7/gs3/chalk5和qSS7/GS3/Chalk5两种纯合导入的植株的任意一种为母本，另一种为父本，进行杂交获得杂交种F1’；同时，以待改良的受体亲本为母本，以qss7/gs3/chalk5为父本做杂交获得杂交种F1”；

9)将步骤8)中获得杂交种F1’和F1”种植成行，令其自交，收获自交种F2’和F2”；

10)将步骤9)获得的自交种F2’和F2”种植成200～400株规模的分离群体利用所述分子标记筛选在F2’分离群体里筛选出包含qSS7/GS3/chalk5、qSS7/gs3/Chalk5和qSS7/gs3/chalk5的三类纯合基因型的单株，收获其自交种；在F2”分离群体里筛选出包含qss7/GS3/chalk5和qss7/gs3/Chalk5纯合基因型单株，并收获其自交种；

11)所述步骤10)中获得的纯合qss7/gs3/Chalk5、qss7/GS3/chalk5和步骤7)中获得的纯合qSS7/GS3/Chalk5基因型的自交种为实现单基因qSS7、gs3或chalk5导入的稻米品质改良型材料；

所述步骤10)中获得的纯合qSS7/GS3/chalk5和qSS7/gs3/Chalk5基因型的自交种即为实现双基因聚合的稻米品质改良型材料；

所述步骤10)中获得的纯合qSS7/gs3/chalk5基因型的自交种即为实现三基因聚合的稻米品质改良型材料。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述分子标记进行基因分型的方法，以植物基因组DNA为模板，采用权利要求1所述分子标记的引物进行聚合酶链式反应，待反应完成后，将PCR扩增的产物借助荧光定量PCR仪器获取对应的产物荧光信号值，最终完成基因分型。

3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，所述反应的体系包括20～30ng/μL DNA 5μL，权利要求1所述分子标记的引物0.14μL和2×KASPMastermixture。

4.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，所述反应的条件为：94℃，15min；10个逐步递减的循环：94℃，20s；由61℃开始，每个循环逐步递减0.6℃，每个循环持续60s；28个退火循环：95℃，20s；55℃，60s。