[发明专利]夏蜡梅EST-SSR标记及其在遗传多样性分析中的应用

说明书

本发明提供了一种濒危植物夏蜡梅EST‑SSR分子标记开发方法，主要包括：夏蜡梅EST序列，SSR位点的鉴定与筛选，EST‑SSR分子标记引物序列。本发明从夏蜡梅转录组数据中搜索到200条含有不同重复单元的序列，结合软件分析及分子标记筛选得到23条多态性丰富的EST‑SSR标记。本发明可应用于濒危植物夏蜡梅不同种间以及种群间的遗传多样性分析，种质鉴定，变异与进化研究和分子标记辅助育种等。重复性好，可靠性高，是一种非常有效的分子标记。

技术领域

本发明涉及生物技术领域，特别是涉及整个夏蜡梅属的一种基于转录组高通量测序的分子标记技术。

背景技术

夏蜡梅Sinocalycanthus chinensis(Cheng et S.Y.Chang)隶属于蜡梅科夏蜡梅属，为第三纪孑遗植物，主要分布于中国浙江省(临安市和天台县)，属于国家二级重点保护频危物种，在植物区系研究上有极大的科考价值。夏蜡梅是双子叶植物，灌木，茎丛生，花顶生，芽无鳞片等特征，具有较大的观赏价值和药用价值。夏蜡梅野生资源极少，由于其生存环境受到自然灾害和人为干扰的影响，分成许多小种群，使夏蜡梅不同种群间存在不同距离的隔离，种群间基因交流减少和内部近交率增加，导致种群内遗传多样性降低，种群间遗传分化增加。因此，急需对夏蜡梅种质资源进行有效地鉴定和就地保护。

简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)广泛分布于真核生物和原核生物基因组中的1-6个核苷酸串联重复单元，如(GA)_n，(AC)_n，(GAA)_n等，同一类SSR可分布于基因组的不同位置上，由于其重复次数和重复程度不同而形成每个座位的多态性。虽然已有多种标记(例如：同工酶、RAPD、ISSR和AFLP)用于遗传多样性和交配系统分析，但这些标记揭示的多态性信息普遍偏低，不能很好的反映物种之间的遗传多样性和遗传分化特征。与这些分子标记技术相比，SSR标记具有丰富的多态信息、共显性遗传、特异性强等优点。因此，开发共显性的SSR分子标记引物用于夏蜡梅的遗传多样性及品种鉴定保护等相关研究是十分必要的。

目前，对于夏蜡梅的SSR引物开发及相关遗传研究报道相对较少，极大的限制了夏蜡梅的遗传多样性分析及品种鉴定保护等相关研究。

发明内容

本发明要解决的技术问题是提供一种有效的夏蜡梅的EST-SSR分子标记及其应用。

一种夏蜡梅EST-SSR标记，包括23个微卫星标记，其编号、核苷酸序列、引物序列和特征如下表所示：

所述核苷酸序列和引物序列的序列编号为序列表中的编号。

一种夏蜡梅EST-SSR标记，包括如下步骤：

(1)夏蜡梅转录组测序；

(2)SSR序列的筛选与鉴定，筛选得到了23个微卫星标记；

(3)SSR引物的设计及合成，随机挑选2-6核苷酸重复基序的引物220对；

(4)SSR引物的筛选，筛选得到了23对引物；

其中，采用本发明所述23个微卫星标记及其编号、核苷酸序列、和所述23对引物序列。

本发明所述的夏蜡梅EST-SSR标记在遗传多样性分析中的应用。

本发明的有益效果：