[发明专利]一种花生基因组染色体序列图与实际核型染色体序号对应的方法

权利要求书

1.一种花生基因组染色体序列图与实际核型染色体序号对应的方法，其特征在于，包括以下步骤：

(1)染色体特异寡核苷酸探针的设计

利用花生PeanutBase公布的花生野生种A.duranensis染色体基因组序列草图，选择目标区段，然后设计分析参数：(a)寡核苷酸长度42-48nt；(b)寡核苷酸密度2oligos/kb；(c)寡核苷酸dTm10℃；将目标区段序列和分析参数进行生物信息学分析，剔除重复序列，获得长度为42-48nt的单拷贝寡核苷酸序列，从中选择单拷贝寡核苷酸序列，使单拷贝寡核苷酸密度2oligos/kb，并使其均匀分布在基因组上，再将单拷贝寡核苷酸人工合成寡核苷酸库，并命名为Oligos library 6A-1；

(2)对寡核苷酸库Oligos library 6A-1进行探针标记；

(3)利用顺序荧光原位杂交将花生基因组染色体序列图与实际核型染色体序号对应

首先以步骤(2)寡核苷酸探针库Oligos library 6A-1为探针，对A.duranensis中期细胞染色体进行第一次荧光原位杂交，照相后，再经过制片探针反洗，洗掉探针杂交信号；然后用45S rDNA质粒和Oligo DP-1探针进行第二次荧光原位杂交；再经过制片探针反洗，用Oligo DP-5探针进行第三次荧光原位杂交，建立A.duranensis中期细胞染色体核型，实现Oligos library 6A-1与实际核型染色体对应；

所述的Oligo DP-1探针的序列为：TAMARA-5′-TGCGATCATACCAGCACTAATGCACCGGATCCCGTCAGAACTCTGAAGTTAAGCGTG-3′；

所述的Oligo DP-5探针的序列为：FAM-5′-TTTAGGGTTTAGGGTTTAGGGTTTAGGGTTTAGGGTTTAGGGTTTAGGGTTTAGGG-3′。

2.根据权利要求1所述的花生基因组染色体序列图与实际核型染色体序号对应的方法，其特征在于，所述的目标区段为基因富集区，40基因/Mb。

3.根据权利要求1所述的花生基因组染色体序列图与实际核型染色体序号对应的方法，其特征在于，单拷贝寡核苷酸人工合成寡核苷酸库时，在寡核苷酸两端分别加上游引物和下游引物作为引物接头；所述上游引物为：5’

-TAATACGACTCACTATAGG-3’，所述下游引物为：5’-CGTGGTCGCGTCTCA-3’。

4.根据权利要求1所述的花生基因组染色体序列图与实际核型染色体序号对应的方法，其特征在于，步骤(2)的具体方法为：将Digoxigenin-5′-CGTGGTCGCGTCTCA-3′标记到寡核苷酸库Oligos library 6A-1中的寡核苷酸序列上。