[发明专利]与鹌鹑产蛋性状相关的SNP遗传标记及应用

说明书

本发明属于家禽的分子标记制备技术领域，具体涉及一种与鹌鹑产蛋性状相关的遗传标记及应用。本发明的遗传标记是从鹌鹑EED基因中克隆得到一段与鹌鹑产蛋性状相关的DNA片段，序列长度为605bp，在序列的187bp和208bp处有两个等位基因突变（碱基替换），这两个突变可显著影响鹌鹑的开产日龄、蛋重和20周龄产蛋数性状，本发明实现了对鹌鹑产蛋性状进行早期选择，检测方法快速、准确，且不受养殖环境条件因素影响。

技术领域

本发明属于家禽的分子标记制备技术领域，具体涉及一种与鹌鹑产蛋性能相关的遗传标记及应用。该遗传标记克隆自EED基因的一个片段，可应用于鹌鹑标记辅助选择育种。

背景技术

鹌鹑是一种特种经济禽类，具有极高的食用价值和食疗功效。随着人们生活水平的提高，对鹌鹑蛋的需求量越来越大。目前饲养的蛋用鹌鹑品种多表现为产蛋性能较低、蛋重大小不均匀等缺点，培育高产性能的鹌鹑品种成为目前鹌鹑育种与养殖领域的研究重点之一。通过表型选择等常规育种方法进行产蛋性能的遗传改良，所需时间长、成本高；随着分子生物学技术的发展，利用分子标记辅助选择并结合传统育种方法已经成为目前加快畜禽品种选育的主要方法之一。因此，筛选与鹌鹑产蛋性状基因座相连锁的分子遗传标记，应用于分子标记辅助选择培育蛋用鹌鹑新品种，是目前及今后一段时间鹌鹑分子生物学领域的研究重点之一。

胚胎外胚层发育基因(embryonic ectoderm development,EED)是PcG蛋白家族的成员之一。PcG蛋白家族是一类重要的转录抑制因子，与细胞增殖相关的调控基因启动子区结合(Piunti et al,2011)，可偶联DNA特异序列结合因子、信号转导调控因子等，动态调控细胞周期、靶基因表达、衰老等(Lai et al，2013)。作为PcG蛋白家族的成员， EED基因在细胞增殖、性成熟启动中发挥着重要的作用，但目前关于EED基因在畜禽上的研究还较少，仅见少量研究结果表明，EED基因在哺乳动物的器官发生中发挥作用 (Morin-Kensicki etal，2001)，初步表明EED转录抑制因子与鸡性成熟启动相关(盛中伟等，2016)。然而关于EED基因进一步的功能及其在其他家禽中的研究还未见报道。

综合所述，EED基因与家禽性成熟启动密切相关，研究性成熟启动的调节机制对于家禽高产品种的育种具有重要意义。通过研究基因突变位点在群体中的多态性，并进行性状的关联分析是发掘与特定性状相关的分子标记、研究基因功能的重要手段之一。鉴于此，申请人克隆了鹌鹑EED基因外显子8-9部分序列，并进行了该序列的多态性及其与鹌鹑产蛋性状的关联分析研究，为鹌鹑的遗传改良提供了重要的理论支持。

发明内容

针对现有技术的不足，本发明的目的在于获得与鹌鹑产蛋性状相关的SNP分子标记及在鹌鹑上的应用。从鹌鹑EED基因克隆得到一个特异的DNA片段(外显子8-9部分片段)，分析该片段与鹌鹑产蛋性状的相关性，本发明为鹌鹑的标记辅助选择育种提供一种新的遗传标记。

为了实现本发明的目的，本发明人通过大量试验研究和不懈探索，最终获得了如下技术方案：

一种与与鹌鹑产蛋性状相关的SNP遗传标记，通过对鹌鹑EED基因外显子8-9区域的分离克隆，发现了一种与鹌鹑产蛋性状相关的SNP分子标记，该标记的核苷酸序列如 SEQID NO:1所示，序列长度为605bp，其中在该序列所示的“R”(即第187bp处的碱基突变)是A或G(即存在一个A/G替换)、“Y”(即第208bp处的碱基突变)是T 或C，(即存在一个T/C替换)，采用直接测序的方法进行上述位点的检测。

申请人设计了一种扩增鹌鹑EED基因和检测该基因片段突变的引物对，该引物对的 DNA序列如下所示：

正向引物：5’-TTGGGTGACCTAATTCTT-3’，与SEQ ID NO:2所示的序列对应。

反向引物：5’-TTTGACTCACTTGGCTTG-3’，与SEQ ID NO:3所示的序列对应。