[发明专利]基于DNA的融合基因定量测序建库、检测方法及其应用有效
| 申请号： | 201710389217.X | 申请日： | 2017-05-27 |
| 公开（公告）号： | CN107190329B | 公开（公告）日： | 2018-10-19 |
| 发明（设计）人： | 王冠;戴春;朱沁;王晨;许强 | 申请（专利权）人： | 领星生物科技（上海）有限公司;上海领安生物科技有限公司;启东领星医学检验所有限公司 |
| 主分类号： | C12N15/11 | 分类号： | C12N15/11;C40B50/06;C12Q1/6869 |
| 代理公司： | 上海市汇业律师事务所 31325 | 代理人： | 陆红杰 |
| 地址： | 201203 上海市浦东新区自由*** | 国省代码： | 上海;31 |
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| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | 基于 dna 融合 基因 定量 测序建库 检测 方法 及其 应用 | ||
1.基于DNA的ALK融合基因定量测序建库方法，其特征在于，包括以下步骤：
1)构建基因组片段化DNA文库，并纯化；
2)以步骤1)纯化后的DNA文库为模板，通过PCR扩增反应捕获融合基因发生区域，对扩增产物进行纯化，并富集包含有引物特异片段的序列；所述PCR反应的正向引物为通用引物；反向引物为一组序列如SEQ ID NO:1～20所示且5’端用生物素修饰的特异引物；
3)以步骤2)所得产物为模板，用巢式PCR扩增反应捕获包含有融合基因的目的片段；
4)用步骤3)所得产物构建用于高通量测序的DNA测序文库。
2.根据权利要求1所述的建库方法，其特征在于，步骤1)进一步包括：
末端修复及加A尾的步骤；
在末端修复及加A尾产物上连接文库接头，并对接头连接产物进行纯化的步骤；
以纯化后的接头连接产物为模板，进行DNA文库扩增反应，并对扩增产物进行纯化的步骤。
3.根据权利要求1所述的建库方法，其特征在于，步骤2)，所述正向引物为P5引物。
4.根据权利要求1所述的建库方法，其特征在于，步骤3)，巢式PCR扩增反应的引物组的序列如SEQ ID NO:21～40所示。
5.根据权利要求1所述的建库方法，其特征在于，步骤4)进一步包括：
对步骤3)所得产物进行末端修复及磷酸化，并进行纯化的步骤；
在纯化后的末端修复及磷酸化产物上连接通用测序接头，并对连接产物进行纯化的步骤；
以纯化后的连接产物为模板，进行文库扩增反应，并对文库扩增产物进行纯化的步骤；
对纯化后的文库进行定量、质检，获得用于高通量测序的DNA文库。
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