[发明专利]用于确定乳癌相关疾病状态的方法和用于该方法中的阵列

说明书

本申请是中国发明专利申请(申请日：2013年4月10日；申请号： 201380029458.3(国际申请号：PCT/IB2013/052858)；发明名称：用于确定乳癌相关疾病状态的方法和用于该方法中的阵列)的分案申请。

发明领域

本发明提供了用于确定乳癌相关疾病状态的方法，以及用于这些方法中的阵列和试剂盒。

发明背景

乳癌(breast cancer)是最常诊断出来的癌症并且是女性中癌症死亡的主要诱因，占据了总癌症病例的23％和癌症相关死亡的14％(Jemal等，2011)。传统的临床病理学参数，如组织学等级、肿瘤大小、年龄、淋巴结牵涉和激素受体状况，用来决定治疗和估计预后(Ciocca和Elledge，2000；Elston和 Ellis，1991；Hondermarck等，2008；Hudis，2007；Slamon等，2001)。组织学等级，其为最常用的预后因素之一，是组合评分，基于肿瘤细胞的形态学和细胞学特征的显微评价，反映出肿瘤的侵略性。然后将这种组合评分用于将乳癌分级成：级别1-缓慢生长和充分分化，级别2-适度分化，和级别 3-高度增殖和差的分化(Elston和Ellis，1991)。然而，用于患者预后的组织学等级的临床值有争论，主要反映出目前与肿瘤分级相关的挑战(Frierson 等，1995；Robbins等，1995)。此外，30-60％的肿瘤归类为组织学等级2，其已经变成代表非常不均匀的患者群并且证明了对于作出临床决定提供的信息较少(Sotiriou等，2006)。显然，传统临床实验室参数对于适当的预后和风险组辨别以及对于预测给予的治疗是否将成功仍然是不够的。因此，一些患者将被过度治疗、治疗不足或甚至用将不会给予任何益处的疗法进行治疗。因此，为了进一步推进预后，并且因此推进治疗结果，需要更深一步的乳癌生物学和肿瘤进展的分子理解与改进的个性化预后和治疗决定的方式的结合。

发明内容

迄今为止，一组基因组成果已经产生了用于将乳癌类型分成亚组 (Ivshina等，2006；Perou等，2000；Sorlie等，2001)以及用于乳癌预后和风险分级(Paik等，2004；van't Veer等，2002；van de Vijver等，2002)的分子特征(signature)。另一方面，已经预期蛋白质组学发现促进了关键的发现转变成临床实践(Hanash，2003)。关于这点，典型的基于质谱(MS)的蛋白质组学已经产生了有价值的乳癌蛋白质组库，主要靶向细胞系和少数的组织样品 (Bouchal等，2009；Geiger等，2010；Geiger等，2012；Gong等，2008； Kang等，2010；Strande等，2009；Sutton等，2010)，并且最近，亲和性蛋白质组学成果提出了用于乳癌诊断和用于预测复发风险的第一个多重血清谱(Carlsson等，2008；Carlsson等，2011)。尽管最近技术有进展，但是使用典型的蛋白组学技术(Aebersold和Mann，2003)或亲和力蛋白质组学 (Borrebaeck和Wingren，2011)，以灵敏且可再现方式产生详细的大群粗蛋白组(例如，组织提取物)的蛋白质表达谱仍然是一种挑战。

为了解决这些问题，发明人最近研发了整体蛋白质组检测(global proteome survey)(GPS)技术平台(Wingren等，2009)，其结合亲和力蛋白质组学和MS的最佳特征。GPS适用于以灵敏和定量方式发现尝试、再现地解密粗蛋白质组(Olsson等，2012；Olsson等，2011)。

在这个研究中，发明人使用GPS深入地描绘了组织分级的乳癌组织的分子组织谱，反映出肿瘤进展。为此，分析了52个乳癌组织蛋白质组，以我们的知识来看，其代表了最大的无标记的基于LC-MS/MS的乳癌组织研究之一。使用正交方法成功证实了蛋白质表达谱。在长期运行中，这些组织生物标记物谱将为提高的分类和预后做好准备。

因此，本发明的第一个方面提供了一种用于确定乳癌相关疾病状态的方法，其包括步骤：

a)提供待测试的样品；和

b)通过测量测试样品中一种或多种选自表1中限定的生物标记物的存在和/或含量来确定测试样品的生物标记物特征；