[发明专利]猪DNAH2基因分子标记在肉质检测中的应用

说明书

技术领域

本发明属于家畜分子生物学技术领域，涉及一种多核苷酸序列中的单核苷酸多态性位点以及检测所述单核苷酸多态性位点的方法。

背景技术

猪肉是我国城乡居民动物性蛋白的主要来源，随着人们对肉品需要量的增加，对肉质的要求也相对提高。而肉质主要是由微效多基因控制，并存在主基因效应。分子生物技术的发展，尤其是近年来基因组测序技术的发展，使得人们可以在DNA水平寻找控制肉质性状的主基因或与其紧密连锁的分子标记，并在育种过程中将其应用于标记辅助选择，以提高选择进程，更好地改善猪肉质性状，满足人们的需要，以获得更大的经济效益。

肉质定义最为广泛接受的是Hoffmarm的定义，即肉质应该考虑感官属性、营养价值、技术质量和食品安全。感官属性指外观(如色泽)、保水力、硬度，食用品质指嫩度、多汁性、风味与滋味、臭味、大理石纹，营养价值指脂肪含量、脂肪酸组成、蛋白质含量、其它营养含量，技术因素指系水力、脂肪硬度、组织分离、氧化稳定性，社会质量指动物福利、环境，食品安全指微生物卫生(无沙门氏菌、弯曲杆菌)、无残留(抗生素、重金属、杀虫剂)。影响猪肉质的因素很多，有遗传因素和非遗传因素，从遗传上对猪肉质性状进行评定和选育是改善猪肉品质的关键，肉质性状大多属于数量性状，由微效多基因控制，某些数量性状存在主基因效应，大多数属于QTL。许多肉质性状只能在动物屠宰后才能测定，所以常规选育只能寄予同胞或半同胞测验，这就势必加大选育成本，且遗传进展缓慢。肉质性状只能在动物屠宰时才能测定，需昂贵的同胞测验，因此，利用分子标记进行辅助选择(MAS)控制肉质性状是非常有意义的。

分子生物技术的发展和猪高密度基因图谱的构建，使育种工作者可在DNA水平上寻找影响肉质性状的主基因或与其紧密连锁的分子标记，理论上这些主基因或分子标记一经确认，就可进行标记辅助选择育种。

纤毛的运动是很多单细胞(如衣藻和精子)的马达，为细胞在水环境中的定向运动提供动力。它可以拨动表面的液体来发挥功能。呼吸道上皮细胞纤毛的摆动可以排出呼吸道的灰尘和细菌，如相应基因突变将导致纤毛的运动失活。人的精子鞭毛和输卵管的纤毛缺陷将导致其生育能力的下降。有研究还表明，纤毛还加强与肉质有密切关系的经典Wnt信号通路。纤毛轴动力蛋白重链2基因(dynein axonemal heavy chain 2，DNAH2)位于猪12号染色体，位于人(Homo sapiens)17p13.1，该基因编码纤毛轴动力蛋白重链2蛋白，由4427个氨基酸组成，其分子量为507698Da。该蛋白从N端到C端依次为：动力蛋白茎干，AAA-6，AAA2，AA3，TPR2，AAA4，P-loop-NTPase(此结构中含有三磷酸核苷水解酶，其发挥作用水解产生能量，带动微管间相互移动，从而导致纤毛的运动)，Stalk，MT(动力蛋白微管结合茎)，AAA5，重链和动力蛋白区D6等11个区域。小鼠(Mus musculus)11号染色体，大鼠(Rattus norvegicus)10号染色体，猪该基因(GenBank收录号为XM_013981316)预测的cDNA长度为7437bp。但是，目前国内外关于猪DNAH2基因的相关研究没发现相关报道。据此推断，该基因有可能通过改变猪肌肉中的肌纤维的运动影响失水率，进一步影响肉的品质。

发明内容

本发明的目的在于寻找DNAH2基因的突变位点以及作为猪肉质性状基因多态性的检测方法，为标记辅助育种提供一种有用的分子标记。

本发明所要解决的技术问题是：针对上述现有技术的不足，提供一种猪肉质性状相关基因DNAH2及其在猪标记辅助选择中的应用，为猪标记辅助选择提供有用的分子标记。

为了解决上述问题，本发明所采用的技术方案是：

一种猪肉质性状相关基因DNAH2在猪分子标记辅助选择中的应用，该猪肉质性状相关基因DNAH2基因的DNA序列如序列表SEQ ID NO:1所示，在第504bp处有一个C/G的碱基突变，导致PCR-RFLP-Acc I多态性。

上述DNAH2基因的多态性是以猪的基因组DNA为模板扩增，扩增片段利用SSCP技术和测序技术发现SNP，并利用PCR－RFLP进行基因分型，再利用SAS软件通用线性模型(General Linear Model,GLM)分析SNP与肉质性状的关联。

本发明制备了检测SEQ ID NO:1所示的DNAH2基因片段突变的引物对，所述引物对的序列为：

正向引物为5′-TGA TGC TCG TGA GTG AAA GA-3′。