[发明专利]一种CYP2C19*2基因型检测试剂盒及其检测方法

说明书

技术领域

本发明涉及分子生物学技术领域，具体涉及一种CYP2C19*2基因型检测试剂盒及其检测方法，该试剂盒采用PCR体外扩增法，用于定性检测人全血样本中药物代谢酶CYP2C19*2位点第681位点的变异。

背景技术

细胞色素P450（CytochromeP45，简称CYP）同功酶也称药酶，是由一系列结构和功能相关的酶组成的超家族，是体内药物代谢的主要酶系。其中CYP2C19酶具有遗传多态性，酶活性在不同个体间存在显著差异。根据患者基因型的不同，通过CYP2C19酶代谢的药物的疗效和副作用也有明显差异。CYP2C19参与氯吡格雷、S-美芬妥英、奥美拉唑、伏立康唑、安定、去甲安定等药物的代谢。CYP2C19遗传变异可导致酶活性的个体差异，使人群出现超快代谢者（ultrarapid metabolizer，UM）、快代谢者（extensive metabolizer，EM）、中间代谢者（intermediate metabolizer，IM）和慢代谢者（poor metabolizer，PM）4种表型。CYP2C19*2（rs4244285，c.681G>A）和CYP2C19*3（rs4986893，c.636G>A）是中国人群中存在的2种导致CYP2C19酶缺陷的主要等位基因。CYP2C19*2导致剪接缺失，CYP2C19*3为终止密码子突变。EM个体只携带CYP2C19*1等位基因，IM个体携带CYP2C19*2或CYP2C19*3杂合子基因型；PM个体包括CYP2C19*2/*2、CYP2C19*2/*3和CYP2C19*3/*3基因型。东方人群中75~85％ 的PM由CYP2C19*2所致，约20~25％ 的PM由CYP2C19*3所致。对于通过CYP2C19基因产物进行代谢的治疗药物，CYP2C19的基因型信息可以判断患者对此类药物的代谢速率。

目前临床或实验室检测CYP2C19基因型的方法包括PCR-直接测序法、PCR-焦磷酸测序法、荧光定量PCR法、PCR-基因芯片法、PCR-电泳分析、PCR-高分辨率熔解曲线法、等位基因特异性PCR法、PCR-限制性片段长度多态性方法、原位杂交（ISH）等多种方法。

PCR-直接测序法也称PCR-Sanger测序。PCR-Sanger测序法的操作过程主要包括PCR扩增和PCR产物纯化、测序反应、测序和结果分析四个主要步骤。该方法属于定性检测。主要不足：灵敏度不高，尤其是在进行肿瘤组织体细胞突变检测时，当组织中靶标基因突变比例低于20％时，可能出现假阴性结果；对试剂和仪器有特殊要求，不易普及；操作复杂，成本相对较高，速度慢、通量低。

PCR-焦磷酸测序法需设计一条生物素标记的测序引物，当引物与单链模板DNA退火后，在DNA聚合酶、ATP硫酸化酶、荧光素酶和三磷酸腺苷双磷酸酶4种酶的协同作用下，将引物上每一个dNTP的聚合与一次荧光信号的释放偶联起来，通过检测荧光的释放和强度，达到实时测定DNA序列的目的。主要缺点：对试剂和仪器有特殊要求，不易普及；检测灵敏度有限，对肿瘤组织中的低丰度体细胞突变（<3％）容易出现假阴性；测序长度仅10多个碱基，不能对长片段进行分析。

实时荧光PCR法可分为探针法和非探针法两种，前者利用与靶序列特异杂交的探针（Taqman和分子信标）来指示扩增产物的增加，后者利用荧光染料或特殊设计的引物来指示扩增产物的增加。实时荧光PCR法灵敏度高，分型准确，操作简便快捷，所用仪器容易普及，易于推广使用。但该方法通量不高，探针成本较高，单个位点的检测成本与样本量有关，样本量越小，成本越高。

PCR-基因芯片法以特定的寡核苷酸片段作为探针，将其有规律地排列固定于支持物上，然后将样品DNA通过PCR扩增、荧光标记等程序，按碱基配对原理与芯片杂交，再通过荧光检测系统对芯片上的荧光信号进行检测和分析，从而迅速获得个体的基因型信息。该方法用于DNA基因分型时属于定性检测，灵敏度为50 ng/μL。

PCR-电泳分析是指对待分析的目的基因片段进行PCR扩增，并通过琼脂糖凝胶电泳或毛细管电泳分析，根据PCR产物的大小对基因多态性位点进行基因分型。该方法属于定性检测，且只能用于对已知的多态性位点进行检测，不能识别未知多态性。

发明内容

本发明旨在提供一种CYP2C19*2基因型检测试剂盒及其检测方法，利用该试剂盒能够快速、简便地检测CYP2C19基因上CYP2C19*2位点的变异和类型。