[发明专利]一种与猪体长和乳头数显著关联的遗传标记及应用

说明书

本发明属于猪的遗传标记制备技术领域，具体涉及一种与体长、乳头数性状关联的遗传标记及应用，该标记从猪LTBP2基因中筛选得到，其序列如SEQ ID NO.1和图2所示，在该序列203位碱基处发生一个C/T碱基突变，导致MspI‑RFLP多态性。筛选方法为：从猪血液中提取基因组DNA，设计引物，PCR扩增，PCR产物克隆、测序，序列比对分析，SNP检测，标记与生长性状间相关性分析。公开了猪LTBP2基因3'UTR区的SNP分型检测技术，发现该C/T突变位点与达百公斤体重日龄、初生重性状显著相关；与体长、乳头数性状极显著相关。本发明为猪标记辅助选择提供了新的标记资源。

技术领域

本发明属于猪的标记辅助选择技术领域，具体涉及一种与猪体长、乳头数性状关联的遗传标记。所述的遗传标记分离自LTBP2基因的3′UTR区域。本发明还包括该遗传标记在猪标记辅助选择关联分析中的应用。

背景技术

猪的育种主要是依据其体型外貌、生产性能和体质类型等进行选择，即从血统、个体和后代表型值进行选留与选育。该种方法无法知道经济性状的遗传背景，因此在遗传进展、效果等方面具有不稳定性。动物育种技术发展至今，其过程可分为三个阶段：表型值育种、估计育种值育种及分子育种。在分子育种中，分子标记辅助选择(molecular marker-assisted selection，MAS)方法具有应用价值大、成本相对低廉、育种群体遗传稳定的优点，而得到大量研究和实际应用。它是通过与重要生产性状座位连锁的DNA标记来评估动物个体的生产潜力。在基因的多种遗传效应中，只有加性效应能够稳定遗传，并且数量性状的基因加性效应值称之为育种值。由于该值不能直接度量得到，实际所得数据是包含育种值在内的各种遗传效应和环境效应共同作用得到的表型值。因此在猪的育种过程中，综合表型值及DNA标记辅助选择将会大大提高选种的准确性。

分子标记是指能反映动物个体或种群间基因组中某种差异的特异性DNA片段。目前所发现的分子标记一共包括四类特征序列：VNTR、STR、SNP、CNV。作为第一代分子标记的可变数目串联重复序列(variable number tandem repeat，VNTR)，即小卫星DNA，是以限制性片段长度多态性(restriction fragment length polymorphism,RFLP)为技术依托来实现检测的。因此，RFLP是最早应用于分子标记的筛选。将PCR与RFLP结合就形成PCR-RFLP(PCR-restriction fragment length polymorphism)技术，利用该技术方法可以实现对单核苷酸多态性进行基因型分析。其原理是在扩增不同个体同一段DNA序列时，由于单个碱基的突变从而引起限制性内切酶识别位点的得失，经电泳分离产生大小不同的条带，从而实现对基因型的分析。

单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNP)是指基因组DNA序列中由于单个核苷酸(A、T、C或G)的突变而引起的多态性，形式包括单碱基的插入、缺失、转换和颠换等，是继限制性片段长度多态性和微卫星标记之后的第三代遗传标记。因其遗传稳定性高、位点丰富且分布广泛及检测快速易实现自动化分析等显著特点，而得到众多研究和应用。其生物学功能主要是影响基因的表达丰度、转录活性、翻译后修饰等。猪的基因组大小约2.7GB，SNP覆盖密度可达每300-400bp即有一个。因此，对于挖掘具有功能性、紧密连锁的遗传标记，将对猪的育种进程及选育程度有实质性的提升。