[发明专利]一种杜泊羊SNP标记及其筛选方法和应用

说明书

本发明公开了一种杜泊羊SNP标记及其筛选方法和应用。本发明根据特有的杜泊羊SNP标记，采用焦磷酸测序法、sanger测序法、基因芯片法、或飞行时间质谱法进行SNP分型分析，鉴定供试品种是否为杜泊羊。本发明的品种真实性鉴定方法与常规测定方法的对比，其操作简便、无位点间的干扰，适于高通量操作；本发明是以焦磷酸测序技术为基础，具有很高的准确性；5h之内即可完成品种鉴定工作；结果判定简单：鉴定结果可以直接从可见光信号峰值读出。

技术领域

本发明属于羊品种鉴定技术领域，尤其涉及一种杜泊羊SNP标记及其筛选方法和应用。

背景技术

杜泊羊(Dorper)源于南非干旱地区肉用型绵羊，是波斯黑头羊与有角陶赛特羊杂交育成，该品种具有生长快、抗旱及抗病能力强、肉质鲜美等优点，被誉为世界钻石级绵羊。杜泊羊适应性极强，好饲养，牧草利用率高，能够在干旱、半热带地区健康成长，繁殖率高。肉羊生产在我国畜牧业中是一个弱项，近年来，我国从国外引进了许多优良肉用绵羊，用来杂交改良本地羊，取得了一定成绩。

了解引进肉用绵羊品种的遗传多样性及其遗传关系，对于品种起源进化研究、种质资源保护以及科学开发利用均具有重要的指导意义。90年代末期，我国黑龙江、宁夏等省区已引进，效果良好。当前，随着电子商贸的发展，更多的养殖户、养殖厂商通过中国畜牧街这类畜牧商贸网站来进行杜泊羊的交易、引种繁育，把它作为终端杂交父本来改善肉品质，具有很好的效果。

目前对于杜泊羊的品种鉴定工作主要依赖于表型性状的鉴定和传统的标记鉴定方法。

随着杂交育种的推广，一方面，高代杂交群体的个体表型与亲本的高度相似，无法单纯地利用杜泊羊的毛色、角型、体型等表型性状特征进行准确区分；另一方面，生产制作出的动物产品已经不能再表现出所属品种的表型性状特征，因此也就无法利用表型性状对其进行鉴别。因此，仅利用表型性状特征进行品种资源的鉴定不够准确、全面和科学。传统的标记鉴定方法诸如细胞学标记、生物化学标记以及免疫学标记，虽然已经在品种鉴定中进行应用，但由于这些标记的多态性低和信息量小，且是对基因的间接反映，受到基因与环境互作的影响比较大，在生产实践中有很大的局限性。

DNA分子遗传标记问世为克服这一难题提供了有效的解决途径。DNA分子遗传标记具有不受表型、时空的限制、多态性好等特点，因此常常被用来进行品种鉴定的工作。其中，最常用的DNA分子标记是微卫星标记和SNP(single nucleotide polymorphism)标记。

微卫星标记被首先用于进行个体鉴定，其缺点是由于不同实验室的条件不同而难以实现标准化和规模化。

单核苷酸多态性(Singlenucleotidepolymorphism，SNP)是指在基因组DNA水平上发生的单个核苷酸变异所引起的DNA序列多态性。随着山羊与绵羊的全基因组测序工作的完成，羊基因组的信息基本趋于完善。目前已知羊的基因组大约有26亿对碱基，其中可能发生变异的位点多达46401347(NCBIdbSNP142)，平均每60个碱基就可能出现一个SNP。研究表明健康个体之间基因组碱基差异大约为0.1％，即两个随机个体中每1200-1500个碱基就会有一个差异碱基。实验室现有羊基因组信息的个体数量约为600只，SNP位点信息约有40-50M。这些SNPs不仅是造成品种间差异的重要因素，而且大量研究还证实，有些SNP与羊的多种经济性状都有关系。随着SNP分型技术的发展，SNP标记的发现和定位越来越多。相对于以限制性片段长度多态性为代表的第一代遗传标记和微卫星多态性为代表的第二代遗传标记，SNP具有分布广泛、数量多等特点，成为了第三代遗传标记，更加适合于基因性状及品种鉴定的研究。

发明内容

针对现有技术的不足，本发明提供一种杜泊羊SNP标记及其筛选方法和应用。本发明基于SNP位点对杜泊羊品种的真实性进行鉴定，克服了表型性状特征进行品种鉴定的缺陷性。

本发明第一方面，提供一种杜泊羊SNP标记，所述杜泊羊的特异SNP位点如表1所示：