[发明专利]MDR1基因多态性检测体系及其试剂盒

说明书

技术领域

本发明涉及一种基因多态性的检测产品以及该产品所用到的引物、探针、检测体系，属于生物技术领域。

背景技术

基因组DNA在某一特定的核苷酸位置上发生转换、颠换、插入或缺失，并且其在群体中出现的频率≥1％，称为单核苷酸多态性(SNP)，基因多态性与某些基因组DNA的修复功能有关，多态性可以显著影响个体对药物的敏感性，分子水平的疾病诊断可对肿瘤个体化治疗和预后判断提供指导。

多药耐药1(MDR1)基因编码P-糖蛋白，它是人体药物转运中最重要的转运体，在肿瘤药物多耐药发生中起着主要作用，肿瘤细胞对多种化疗药物产生交叉耐药性是造成肿瘤化疗失败的主要原因。MDR1(C3435T)是MDR1与P-gp表达相关的多态性位点，研究表明P-gp的表达在三种基因型的个体中从高至低依次为CC>TC>TT，CC基因型的患者P-gp表达水平较高，对人体抵抗病原体的侵害时有利的。临床上通过检测MDR1的基因多态性，有助于帮助乳腺癌患者预测蒽环药物或者联合泰素治疗疗效，指导用药和个性化治疗。目前主要测采用一代测序、FLP、等位基因特异的寡核苷酸杂交、等位基因特异的PCR和基因芯片等技术，但是操作过程繁琐，需要更换反应管而易发生污染，多需要电泳和多步后处理，影响检测结果的准确性。或仪器设备昂贵，难以大规模推广应用。

传统的巢式PCR反应由于有2次PCR扩增，不但耗时、开管操作极易造成交叉污染导致假阳性及结果的不准确性，而检测结果需要电泳及凝胶成像系统才能看到结果，从而降低了扩增多个靶点的可能性，从PCR到检测结果出来大约需要5h，主要应用于分子生物学领域和医学检测研究中。

发明内容

本发明要解决的技术问题是提供一种能在样本初始模板量低的条件下准确检测出样本基因MDR1的C3435T多态位点的基因型的MDR1基因多态性检测试剂盒，以及该试剂盒所用的检测体系。

本发明为解决上述技术问题提出的一种技术方案是：一种MDR1基因多态性检测体系，包括检测引物对、检测探针和肽核酸，

所述检测引物对包括检测MDR1基因C3435T多态性位点外侧的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示的外侧上游引物、检测MDR1基因C3435T多态性位点外侧的核苷酸序列如SEQ ID No.2所示的外侧下游引物、检测MDR1基因C3435T多态性位点内侧的核苷酸序列如SEQ ID No.3所示的内侧上游引物、检测MDR1基因C3435T多态性位点内侧的核苷酸序列如SEQ ID No.4所示的内侧下游引物；所述外侧上下游引物引入脱氧次黄嘌呤；

所述检测探针包括检测MDR1基因C3435T多态性位点为野生型的核苷酸序列如SEQ ID No.7所示的野生型探针和检测MDR1基因C3435T多态性位点为纯合子的核苷酸序列如SEQ ID No.8所示的纯合子探针；所述野生型探针和纯合子探针引入脱氧次黄嘌呤和错配碱基；所述肽核酸包括与检测MDR1基因C3435T多态性位点的内侧上游引物部分互补的核苷酸序列如SEQ ID No.5所示的肽核酸和与检测MDR1基因C3435T多态性位点的内侧下游引物部分互补的核苷酸序列如SEQ ID No.6所示的肽核酸。

上述MDR1基因多态性检测体系还包括内参引物对、内参探针、质控引物对和质控探针；

所述内参引物上游引物的核苷酸序列如SEQ ID No.9所示，所述内参下游引物的核苷酸序列如SEQ ID No.10所示，所述内参探针的核苷酸序列如SEQ ID No.11所示；

所述质控上游引物的核苷酸序列如SEQ ID No.12所示，所述质控下游引物的核苷酸序列如SEQ ID No.13所示，所述质控探针的核苷酸序列如SEQ ID No.14所示。

上述各个探针的5’端设有荧光报告基团，所述各个探针的3’端设有荧光淬灭基团；所述荧光报告基团是FAM、HEX、ROX或Cy5，所述荧光淬灭基团是BHQ1、BHQ2或TAMRA。

上述外侧上下游引物在反应体系中的最终浓度0.05μm/l，所述内侧上下游引物在反应体系中的最终浓度0.19μm/l，所述肽核酸在反应体系中的最终浓度为1nm/l，所述野生型探针在反应体系中的最终浓度为0.19μm/l，所述纯合子探针在反应体系中的最终浓度为0.19μm/l；