[发明专利]腺病毒肿瘤诊断法

说明书

本申请为申请日为2013年3月14日、申请号为201380014047.7、发明名称为“腺病毒肿瘤诊断法”的发明专利申请的分案申请。

相关申请的交叉引用

本申请要求于2012年3月14日提交的美国临时申请No.61/610,970的优先权，所述临时申请为了所有目的全文纳入本文。

对联邦政府资助研发做出的发明的权利的声明

本发明是在美国国家卫生研究院授予的政府支持的基金R01HG004876、R21RR024453和R43RR031424下进行的。政府对本发明拥有某些权利。

背景技术

细胞从实体瘤扩散到身体远端的被称为转移的过程造成了所有肿瘤相关的死亡的90％以上。起源于原发性肿瘤的细胞可进入循环系统并流动以侵入远离原发性肿瘤的器官和组织并在其中定殖和增殖。因此，这些循环肿瘤细胞(CLC)的检测为转移性癌细胞的早期鉴定和治疗靶向提供了宝贵的机会(Cristofanilli,2004；de Bono,2008)。目前用于检测CTC的技术包括反转录酶-聚合酶链式反应(RT-PCR)、流式细胞术、荧光原位杂交以及最近的微流体技术。遗憾的是，RT-PCR不能区分活的转移性CTC和源于原发性肿瘤的核酸或细胞片段。

基于抗体的技术不能用于检测所有癌症，而仅能检测那些表达最常见的和被很好地表征的标记物的癌症。当前系统的CTC计数(enumeration)仅提供了一层关于癌症诊断的信息。已经证明(Veridex,Raridan NJ)装置取得了CTC分析的商业成功并且其被FDA批准用于乳腺、前列腺和结肠，然而在卵巢、直肠和肺中的使用还有待批准。所述系统的局限性包括：(a)依赖于EpCAM的表达水平(Punnoose EA,等人,PLoS ONE.2010；5(9):e12517)，(b)不使用间充质标记物(Punnoose EA,等人,PLoS ONE.2010；5(9):e12517)，(c)依赖于抗体亲和力用来捕获(Nagrath S,等人，Nature,2007；450(7173):1235-9.18097410)，以及最重要的(d)缺少CTC表型特征。

没有任何抗体具有100％的肿瘤或组织特异性，而且抗体既结合活的CTC也可以结合死的CTC。因此需要更敏感的、更加特异的以及可应用更加广泛的检测血液中非常少量的CTC的技术。另外，急需开发新的诊断剂和工具，其不仅能检测和捕获CTC还能对它们的恶性潜能进行定量以及“预先”确定在切除个体患者的肿瘤中最有效疗法。

尽管癌症在基因组范围内具有复杂性和可变性，但是共同点是它们都具有生长失调的表型，即所谓的癌症标志，这是由相对少量的关键途径发生突变而引起的。申请人没有将重心放在检测大量的且在肿瘤之间高度可变的单个基因损伤上，而是构建了诊断性病毒，所述病毒在其基因组中整合了多个转录和分子模块以感染和检测患者的肿瘤，报告肿瘤的分子“标志”以及“预先”报告肿瘤对不同疗法的反应。使用这些试剂，任何给定肿瘤的分子损伤和恶性特征可被快速识别(24小时以内)并可通过标准化自动平台来评分。另外，这些试剂也能作为报告分子以快速且直接地测定患者的肿瘤是否可能对具体治疗产生反应。

发明内容

在一方面，提供了检测受试者中癌症的方法。所述方法包括给予受试者重组报告性腺病毒。使所述重组报告性腺病毒感染受试者中的癌细胞从而形成报告病毒感染的癌细胞。从受试者中获得含有所述报告病毒感染的癌细胞的样品并检测所述报告病毒感染的癌细胞，从而检测了所述受试者中的癌症。

在另一方面，提供了检测受试者中癌症的方法。所述方法包括从受试者中获得含有癌细胞的样品。使重组报告性腺病毒与所述癌细胞接触。使所述重组报告性腺病毒感染所述癌细胞从而形成报告病毒感染的癌细胞，检测所述报告病毒感染的癌细胞从而检测了所述受试者中的癌症。

在另一方面，提供了确定测试化合物是否抑制了来自癌症患者的癌细胞的生长的方法。所述方法包括从受试者中获得含有癌细胞的样品。将重组报告性腺病毒与所述癌细胞接触。使所述重组报告性腺病毒感染所述癌细胞从而形成报告病毒感染的癌细胞。使所述报告病毒感染的癌细胞生长足够的时间。测定所述报告病毒感染的癌细胞的生长水平并将所述水平与对照水平对比，其中与对照水平相比的低水平表明所述测试化合物抑制了来自所述患者的细胞癌的生长。