[发明专利]与猪生产性状相关的Six1基因分子标记的制备与应用

说明书

本发明属于猪标记辅助选择(MAS)技术领域，公开了与猪生产性状相关的Six1基因分子标记的制备与应用。该分子标记选自(1)～(2)中的至少一种：(1)其DNA序列如序列表SEQ ID NO：2所示，在序列表SEQ ID NO：2所示序列的第11bp处有1个A11‑G11突变，导致HindII‑RFLP多态性；(2)其DNA序列如序列表SEQ ID NO：13所示，在序列表SEQ ID NO：13所示序列的第11bp处有1个(AC)n微卫星变异，n表示(AC)重复数。通过群体数据关联分析，启动子活性，以及基因表达分析，证实了两个分子标记与猪生产性状呈显著相关。本发明所建立的分子标记的制备方法和应用可用于猪相关生产性状的分子选育。

技术领域

本发明属于猪标记辅助选择(MAS)技术领域，主要涉及到2种可用于猪生产性状标记辅助选择的分子标记的制备与应用。其中一个分子标记位于猪Six1基因第一内含子1595bp处的A/G变异位点上，而另外一个分子标记位于Six1基因启动子区(-1029bp—-1100区)的(AC)n微卫星变异位点上。

背景技术

我国是第一猪肉生产国，近年来猪肉产量每年保持在5.0千万吨以上，占整个肉类产量的63％左右，猪肉是我国人民肉类消费的主体。改革开放以来，我国本土产的猪肉远远不能满足国内市场的需求，为了解决猪肉消费市场供给不足的问题，我国引入了大量的西方瘦肉型猪种，并逐渐形成生产杜洛克×长白×大白三元杂交商品猪的生产模式。然而，随着西方猪种的大量引进，市场上频繁出现各种类型的劣质猪肉，主要表现在肉色发白、肉品发酸等。这些劣质肉的出现给消费市场带来巨大的经济损失，同时也严重影响食用时的口感。因此，利用遗传改良技术手段从源头对猪品种重要经济性状，特别是肉质性状进行遗传改良，从而生产出高品质的优质猪肉具有十分重要的意义。

过去的几十年来里，常规育种技术体系在中高遗传力性状的遗传改良上取得了长足的进展，如生长速度、饲料转化效率、胴体瘦肉率等，但对于低遗传力的肉质、繁殖等性状，利用常规育种技术体系进行遗传选育时，不仅成本高，所取得的遗传进展也非常缓慢。随着基因组学、分子生物学等领域的快速发展，分子育种技术体系的建立可为猪低遗传力性状的遗传改良提供新的有效途径。相对传统的常规育种技术，分子标记辅助选择具有许多明显的优势，它不受年龄，性别等的限制，可以进行早期选种，缩短世代间隔，提高选择的准确性，提高选择的强度，降低选育的成本，加快遗传改良的进度。目前，氟烷基因(RYR1)cDNA的1843位点，一磷酸腺苷激活蛋白激酶γ3亚基基因(PRKAG3)的第200个密码子位点均已成功应用于优质种猪的分子选育。尽管如此，目前可用于猪重要经济性状分子标记辅助选育的标记屈指可数，鉴定影响猪重要经济性状的主效基因，开发相应的分子标记应用于优质种猪的选育，对加快我国优质种猪的培育，提升我国种猪业在国际市场上的竞争力具有重要的促进作用。

Six1属于Six同源异型盒基因家族成员，是一个非常重要的发育调节因子，在肌肉生长发育，特别是肌纤维类型的转变中发挥着特别重要作用。骨骼肌组织是猪机体最主要的组成部分，可占猪胴体重的40％以上，其生长发育与猪生长速度有着紧密的联系。肌纤维作为肌肉组织的主要成分，其类型的差异是影响猪肌肉品质的重要因素之一，慢型纤维比例高的猪肉具有相对好的肉质特性。因此，Six1是一个影响猪生长与肉质性状的重要候选基因，其核苷酸序列中可能存在影响猪重要经济性状的有效分子标记。

发明内容

本发明的目的在于开发可应用于猪生产性状辅助选育的分子标记，简化生产性状遗传改良的过程，加速生产性状遗传改良进程。首先从猪骨骼肌发育关键基因Six1中鉴定出潜在的可影响猪生产性状的遗传变异位点，然后建立相应遗传变异位点的简便的分子标记检测方法，并对分子标记的应用效果在商业猪群中进行了验证，结果表明所开发的分子标记可应用于猪肉色、断奶重、胴体重与胸腰背膘厚中至少一种性状的分子标记辅助选育。

本发明的目的可以通过以下技术方案实现：

一种与猪生产性状相关的分子标记，该分子标记选自(1)～(2)中的至少一种：