[发明专利]与辣椒辣味相关的SNP标记及其应用

权利要求书

1.辣椒基因组中如下SNP位点的单核苷酸多态性或用于检测辣椒基因组中如下SNP位点的单核苷酸多态性的物质在鉴定或辅助鉴定辣椒辣味性状中的应用；

所述SNP位点在辣椒基因组中对应于序列表中序列4所示核苷酸序列的第24位；所述SNP位点处的核苷酸为A或C。

2.用于鉴定或辅助鉴定辣椒辣味性状的试剂，是用于检测辣椒基因组中如下SNP位点的单核苷酸多态性的物质；所述SNP位点在辣椒基因组中对应于序列表中序列4所示核苷酸序列的第24位；所述SNP位点处的核苷酸为A或C；

具体的，所述“用于检测辣椒基因组中如下SNP位点的单核苷酸多态性的物质”为如下a)或b)：

a)成套单链DNA甲，为如下(a1)或(a2)：

(a1)由序列表中序列1的第22-45位核苷酸所示的单链DNA、序列表中序列2的第22-45位核苷酸所示的单链DNA、和序列表中序列3所示的单链DNA组成的成套单链DNA；

(a2)由将序列表中序列1的第22-45位核苷酸、序列表中序列2的第22-45位核苷酸和序列3经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加后所得序列所示的三条单链DNA分子组成的，且与(a1)中所述成套单链DNA功能相同的成套单链DNA；

b)成套单链DNA乙，为如下(b1)或(b2)：

(b1)由序列表中序列1所示的单链DNA、序列表中序列2所示的单链DNA、和序列表中序列3所示的单链DNA组成的成套单链DNA；

(b2)由将序列表中序列1、序列2和序列3经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加后所得序列所示的三条单链DNA分子组成的，且与(b1)中所述成套单链DNA功能相同的成套单链DNA。

3.用于鉴定或辅助鉴定辣椒辣味性状的试剂盒，含有权利要求2所述的试剂；

具体的，所述试剂盒中还含有荧光探针A、荧光探针B、淬灭探针A和淬灭探针B；

所述荧光探针A的核苷酸序列为序列表中序列1的第1-21位，5’末端连接荧光基团A；所述淬灭探针A的核苷酸序列为序列表中序列1的第1-21位的反向互补序列，3’末端连接淬灭基团；

所述荧光探针B的核苷酸序列为序列表中序列2的第1-21位，5’末端连接荧光基团B；所述淬灭探针B的核苷酸序列为序列表中序列2的第1-21位的反向互补序列，3’末端连接淬灭基团；

更加具体的，所述荧光基团A为FAM；所述荧光基团B为HEX；所述淬灭基团为Q。

4.权利要求2所述试剂或权利要求3所述试剂盒在鉴定或辅助鉴定辣椒辣味性状中的应用。

5.一种鉴定或辅助鉴定待测辣椒为有辣味辣椒还是无辣味辣椒的方法，包括如下步骤：检测待测辣椒的基因组中如下SNP位点处的核苷酸为A还是C还是A和C，以确定所述待测辣椒的基因型是A:A还是C:C还是A:C，根据所述待测辣椒的基因型按照如下确定所述待测辣椒为有辣味辣椒还是无辣味辣椒：若所述待测辣椒为A:A基因型或者A:C基因型，则所述待测辣椒为或候选为有辣味辣椒；若所述待测辣椒为C:C基因型，则所述待测辣椒为或候选为无辣味辣椒；

所述SNP位点在辣椒基因组中对应于序列表中序列4所示核苷酸序列的第24位；所述SNP位点处的核苷酸为A或C；

所述A:A基因型为辣椒基因组中对应于序列表中序列4所示核苷酸序列的第24位为A的纯合型；

所述C:C基因型为辣椒基因组中对应于序列表中序列4所示核苷酸序列的第24位为C的纯合型；

所述A:C基因型为辣椒基因组中对应于序列表中序列4所示核苷酸序列的第24位为A和C的杂合型。

6.根据权利要求5所述的方法，其特征在于：所述“检测待测辣椒的基因组中如下SNP位点处的核苷酸为A还是C还是A和C”的方法为KASPar检测法；

所述KASPar检测法包括如下两个步骤：KASPar扩增和对所述KASPar扩增所得产物进行荧光扫描从而确定所述SNP位点处的核苷酸为A还是C还是A和C；所述KASPar扩增的模板为所述待测辣椒的基因组DNA，所用的KASPar引物满足如下条件：以所述待测辣椒的基因组DNA为模板进行KASPar扩增所得扩增产物的序列含有序列表中序列4。

7.根据权利要求6所述的方法，其特征在于：在所述KASPar检测法中，所述KASPar引物为权利要求2中所述的成套单链DNA乙。