[发明专利]林麝四碱基微卫星遗传标记位点及其筛选方法

说明书

本发明提供了林麝四碱基微卫星遗传标记位点及其筛选方法，具体涉及林麝基因组多态性四碱基微卫星遗传标记的筛选方法及17个中高度多态性四碱基微卫星标记特征。本发明使用生物信息学方法搜索林麝全基因组中四碱基微卫星序列，设计引物，经过引物PCR条件优化、多色荧光标记、基因分型扫描等步骤，筛选得到17个中高度多态性四碱基微卫星遗传标记位点。具有实验快捷，操作简便，成功率高，节约成本的优点。

技术领域

本发明属于生物技术和遗传学领域，尤其涉及林麝四碱基微卫星遗传标记位点及其筛选方法。

背景技术

林麝(Moschus berezovskii)隶属于偶蹄目，麝科麝属。成体雄麝香腺囊分泌的麝香具有较高的经济价值和药用价值。在巨大经济利益驱动下，野外乱捕滥猎猖獗，加之其栖息地不断遭到破坏，林麝种群数量急剧下降，现存麝类已经濒危。为了有效保护林麝，海内外做出了不懈努力，在积极保护野生林麝的同时鼓励林麝的人工养殖，圈养麝类曾在20世纪80年代达到3000只之多。虽然林麝的人工饲养取得了可喜成果，但也一直存在着不可忽略的缺陷如近亲繁殖，野生与圈养种群之间缺乏基因交流，饲养管理粗放等。再者，对林麝的保护不只是局限在增长其种群数量，精确估计林麝野外种群数量，比较、评估野外与圈养种群遗传多样性，基因交流分析等工作的深入才是林麝得到有效的长期的保护的前提和基础，他们为及时评估反馈保护工作进度与成效，制定生态保护策略等提供系统的理论指导。因此，应用遗传标记对林麝进行以上生态保护研究已经刻不容缓。

微卫星标记具有多态性高，共显性遗传，在基因组中广泛分布，重复性和稳定性良好，分析方法简单等优点，是目前分子遗传标记的首选，被广泛用于个体识别，亲子鉴定，种群遗传结构分析，系统进化分析等不同水平的分子遗传学研究。因此，利用微卫星标记解决林麝保护方面的问题越来越被使用。传统微卫星标记的筛选方法是磁珠富集法，此方法耗时耗力耗钱。近年来，基因组学和生物信息学飞速发展，加上林麝全基因组序列的获得，使得我们可以利用微卫星搜索软件直接搜索和筛选符合条件的微卫星序列，这种方法不仅更加快捷，简单，高效，节约成本，还可以获得基因组不同位置的微卫星序列。近年来，陆续有林麝基因组微卫星位点被开发和公布。然而，已公布的微卫星标记数量不足50个，且目前所有已公布的林麝微卫星标记都是二碱基微卫星。前期研究表明与单碱基、二碱基相比，四碱基微卫星相对能产生更稳定，更精确的基因分型结果。因此，开发四碱基微卫星标记解决林麝保护方面的问题至关重要。

发明内容

为解决上述问题，本发明的目的是提供一种高效，便捷，经济地筛选林麝多态性四碱基微卫星位点的方法，本发明的另一个目的是提供林麝四碱基微卫星遗传标记位点。

在第一个方面，本发明提林麝基因组多态性四碱基微卫星遗传标记位点，应用生物信息学方法，使用MSDBv2.4软件搜索林麝全基因组四碱基微卫星序列，在此基础上筛选出适合设计引物的四碱基原始序列，利用软件Primer3对选定进行引物设计，然后进行引物条件优化，筛选出17个具有中高度多态性的四碱基微卫星位点。

在第二个方面，本发明提供林麝基因组多态性四碱基微卫星遗传标记位点引物对，所述引物对选自：SEQ ID NO:1+SEQ ID NO:2，SEQ ID NO:3+SEQ ID NO:4，SEQ ID NO:5+SEQ ID NO:6，SEQ ID NO:7+SEQ ID NO:8，SEQ ID NO:9+SEQ ID NO:10，SEQ ID NO:11+SEQ ID NO:12，SEQ ID NO:13+SEQ ID NO:14，SEQ ID NO:15+SEQ ID NO:16，SEQ ID NO:17+SEQ ID NO:18，EQ ID NO:19+SEQ ID NO:20，SEQ ID NO:21+SEQ ID NO:22，SEQ ID NO:23+SEQ ID NO:24，SEQ ID NO:25+SEQ ID NO:26，SEQ ID NO:27+SEQ ID NO:28，SEQ ID NO:29+SEQ ID NO:30，SEQ ID NO:31+SEQ ID NO:32，SEQ ID NO:33+SEQ ID NO:34。